No.05001　R で非類似度行列をクラスター分析にかけたい　　【ぞう】　2007/12/10(Mon) 15:45 質問があります。 土田氏作成のPAC分析支援ツール（http://wwwr.kanazawa-it.ac.jp/~tsuchida/lecture/pac-asist.htm）を用いて作成された非類似度行列を，R に読み込ませてクラスター分析を行いたいと思っています。しかし，どのような関数を用いればいいのかわかりません。 非類似度行列は以下のようなものが作成されます。（example） a b c d e f g a 0.0 56.7 28.6 50.1 50.8 50.1 57.5 b 56.7 0.0 36.2 28.6 35.8 64.9 65.1 c 28.6 36.2 0.0 72.6 64.9 64.9 21.4 d 50.1 28.6 72.6 0.0 37

作業ディレクトリの変更 データを扱う際，まず，データがあるディレクトリ（フォルダ）に作業ディレクトリを変更する必要がある．作業ディレクトリの変更方法は こちら を参照されたい． データフレームの作成（テキストファイルから） 以下に出てくるデータは全て作業ディレクトリにあるものとする．もし，データが作業ディレクトリに無い場合は，ファイルを指定する場所にファイルのパスを指定すればよい（例：x <- read.table("C:/data.txt") ）． data01.txt のようなデータは，関数 read.table() で読む．データファイルに列名が無いので，R が勝手に列名を決めている．

Rパッケージveganを利用した類似度の計算 veganパッケージはR本体には最初からインストールされておらず，最初にCRANや パッケージインストーラーなどからのダウンロード・インストールが必要である．Rを起動し，ツールバーのパッケージをクリックし，表示されたメニューの中 から「パッケージのインストール…」を選んでクリックすると，CRAN mirrorというのが出てくる．その中から，例えばJAPAN (Tokyo)を選ぶと，packagesの一覧が出てくるので，veganを選んでクリックするとveganがインストールされる． 詳細は，土居・岡村（2010?）を参照のこと． # 必要なパッケージの呼び出し library(MASS) library(vegan) # 類似度の計算 # 例データをtestdataに入力 testdata <- matrix(c(100,150,0,10,80

生物群集の解析手法のうち、「多様度指数」と「類似度指数」を簡単に計算することができるマクロです。 個人や企業での使用、配付資料等への添付は自由です。 ただし、マクロに関する著作権等は放棄しておりません。商用での使用をお考えの場合は、弊社までご相談ください。

「Rによる統計解析」 オーム社 刊 サポートページ 目次 第1章　Rを使ってみる 第2章　データの取り扱い方 第3章　一変量統計 第4章　二変量統計 第5章　検定と推定 第6章　多変量解析 第7章　統合化された関数を利用する 第8章　データ分析の例 付録A　Rの解説 付録B　Rの参考図書など はじめに R とは何か，何ができるかのリンク集（日本のもののみ） R を使うためにはどうしたらいいの？ データなどの読み書き R の定石（R に限らずプログラミングの定石も） R を使って実際に統計解析をする AtoZ 一連の流れ データファイルの準備をする 分析してみる 分析結果を LaTeX で処理したり，ワープロに貼り込んだりする 道具立て 連続変数データをカテゴリーデータに変換 カテゴリーデータの再カテゴリー化 度数分布表と度数分布図の作成 散布図・箱髭図の描画 クロス集計（独立性の検定，フィ