主人公は上級天使と名乗る男に命令されて神経塔への探索を始め、大熱波によって歪んでしまった世界の謎と、記憶喪失になった自分自身の過去を明らかにしていくこととなる。 主人公は何度死んでも再び外界に降り立つが、ストーリーが進むにつれて、生まれ変わっているわけでもリセットされているわけでもないことが分かる。このゲームには死亡によるゲームオーバーはないのである。主人公が何度死んでも、ゲームの中では時間が流れていく。いくつかのイベントの後に、同じように見える登場人物たちに少しずつ変化が現れることからも、それが分かる。 ゲームの進め方によっては同じイベントが繰り返し起こるといった事態にもなりかねないが、このゲームに関してはその繰り返しすらもストーリーのうちである。とはいえ、効率的にフラグを立て同じイベントを極力複数回起きないように進めることも可能。ただし、これは各イベントのフラグ条件を掴んだヘビーユーザ