同アニメは1期から監督や制作会社を替え新体制で2期が放送されたが、その内容については批判的な意見も多かった。視聴者から寄せられた批判に対し、同局のプロデューサーが煽るようなツイッター投稿を繰り返していたことが問題視されていた。 局のサイトでは「『けものフレンズ2』の放送に関しまして、弊社社員によるSNSでの発言の中に、視聴者の方々を不快にする、不適切なものが含まれていました」と報告。「作品に対する評価につきましては、視聴者の方々に委ねられており、制作者は、その結果を真摯に受け止めなければなりません。それが、制作者として重要な資質であると考えております。本件に関しまして、深くお詫び致します」と謝罪している。
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