菅直人副総理兼国家戦略担当相は２２日、ＮＨＫ番組で、行政刷新会議の事業仕分けで大幅削減とされた次世代スーパーコンピューター開発予算に関し「政策判断は政治的に行う。科学技術分野は見直すことになるだろう」と述べ、概算要求を維持させる考えを示した。　２００９年度概算要求で２６７億円の開発予算は事業仕分けで「予算計上見送りに限りなく近い削減」と判定された。作業を統括する民主党の枝野幸男元政調会長はフジテレビ番組などで「経済効果がきちんと説明されていたら、今の結論にならなかった」と政府の説明不足を指摘。「刺激的に判定したことが前向きの議論につながる」として、問題提起の意義を強調した。

次世代スーパーコンピューターに代表される先端科学予算の「事業仕分け」判定が見直される根底には、国民生活や国の行く末を左右する国家予算を、法的根拠や結果責任があいまいな「仕分け人」が、たった１時間の議論で結論を出すことへの疑問がある。　仕分け人側もすでに自らの作業の「本当の難しさ」に気付いているようだ。　「予算編成のところですら、単純に結論を出せる性質のものじゃない。もちろん議論を制約するつもりはないが…」。１７日、高速増殖炉サイクルの研究開発費が取り上げられた際、統括役の民主党の枝野幸男元政調会長は他の仕分け人にクギを刺した。　約１時間後、９人の仕分け人が出した“評決”は「予算計上見送り」が２人、「予算縮減」が７人。ただ結論は「事業の見直し」とぼかされた。枝野氏は議論後「ある意味、特殊なケース」「仕分け自体がやりにくい」と漏らした。　スパコン予算でも議論と評決結果は食いちがった。１２人の評