物語の舞台は人類が地球外の惑星に移り宇宙帝国を築いた西暦10191年。惑星カラダンを統治するアトレイデス家は、皇帝の命により“DUNE（デューン）”と呼ばれる砂に覆われた惑星アラキスの統治を命じられる。そこは強欲なハルコンネン家が80年にわたり、「メランジ」と呼ばれる香料（スパイス）の採取で莫大な利益を生み出している惑星で、退くことになったハルコンネン家はアトレイデス家と対立。しかしそのすべては皇帝とハルコンネン家が仕組んだ陰謀だった。ハルコンネン軍の襲撃を受け、追われる身となったアトレイデス公爵の息子ポールとその母レディ・ジェシカは、アラキスの先住民フレメンに導かれ、数奇な運命をたどりながらも皇帝とハルコンネン家への反撃に挑むのだった。 PART1ではアトレイデス家とハルコンネン家の対立が、PART2ではハルコンネンの追手から逃れたポールがアラキスの砂漠の民フレメンの救世主となっていく様