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ブックマーク / blog.goo.ne.jp/senodiary (1)

  • Windows XP で Stand-alone BLAST & BioPerl - 長期滞米研究者ネットワーク

    最近の発表されたタンパク群のホモログが自分の扱っている生物種にあるか調べようと思ったのですが、数が多くて一つ一つウェブ上で BLAST をかけるのは面倒なので、思い切って Stand Alone BLAST と BioPerl をインストールしてみました。以下に、自分の覚書も兼ねてまとめてみました。コマンドプロンプトと Perl のごく基礎的な知識が必要です(ディレクトリを変えるとか、コマンドや Perl スクリプトの実行とか・・)。 注1: バックスラッシュが表示されないのでただのスラッシュにしてあります。読み替えてください。 注2: BioPerl の StandaloneBlast.pmLinux で開発・動作確認されているので、Windows などで使うには(システムコールのあたり?)をいじる必要があるかもしれません(と書いてあります)。ただ、一番下に書いたスクリプトは問題な

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