BLASTL+の使い方 - それなりにマジメなメモBLAST+の簡単な使い方のメモ 環境 BLAST+ 2.2.25 databaseの作り方 makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -out blast.db.fasta 相同性検索 blastp -query query.fasta -db blast.db.fasta -out output 今後の予定 BLAST無印で指定していたオプションがどれに変わったかちょこちょこ追加する予定
NCBI BLASTのプロファイルの取り方 - それなりにマジメなメモ
NCBI BLASTのプロファイルを取らないとどこが遅いのか正確に分からないので とってみることに 環境 CentOS ncbi blast 2.2.24 ソースコードの取得 ソースコードは ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ の ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.2.24+-src.tar.gz を使用 プロファイルを取るようにコンパイル まずソースを解凍してディレクトリに移動 実際にコンパイルするときにプロファイリングを取るようにするには ./configure --with-profiling ってやって./configureを実行すれば良いっぽい ちなみに 普通にソースからリリース用にコンパ
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