高速なタンパク質配列相同性検索ツール「DIAMOND」 - それなりにマジメなメモ
この記事は今年読んだ一番好きな論文 Advent Calendar 2015の17日の記事です。 今回紹介する論文はタンパク質用の配列相同性検索に関する以下の論文です。 Buchfink, B., Xie, C., & Huson, D. H. (2015). Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND. Nature Methods, 12(1), 59–60. doi:10.1038/nmeth.3176 まったく同じ問題に大学時代から取り組んでいて、いろいろな意味で刺激を受けた論文で、良い機会なので紹介しようと思います。 配列相同性検索とは 配列相同性検索とは、DNAやタンパク質の配列をクエリとしてデータベース内の類似する配列を検索する解析です。この検索を行ううえで、クエリの配列とデータベース内の配列の類似度をどのように計算す
SC15のBioinformaticsセッションの論文紹介 - それなりにマジメなメモ
11/１5-11/20にスパコンのランキングが発表されることで有名なSCがあった。今年もbioinformatics関係のセッションがあり、3つ論文があったのでせっかくなので読んでみたので簡単な論文紹介と感想の記事。 今回、発表のあった論文は以下の３つ。 Evangelos Georganas, Aydın Buluç, Jarrod Chapman, Steven Hofmeyr, Chaitanya Aluru, Rob Egan, Leonid Oliker, Daniel Rokhsar, and Katherine Yelick. 2015. HipMer: an extreme-scale de novo genome assembler. In Proceedings of the International Conference for High Performance C
Welcome to H-Invitational database!!
平成24年度 第4回 データベース講習会 「創薬研究における統合データベースの活用」 終了しました。多数御参加頂きありがとうございました。 日時： 2013年1月24日（木）10：30-17：15 会場： 産業技術総合研究所 臨海副都心センター バイオIT融合研究棟8階 CBRCセミナー室 〒135-0064 東京都江東区青海2-42 新交通ゆりかもめ「テレコムセンター」駅下車すぐ http://www.aist.go.jp/aist_j/guidemap/tokyo_waterfront/tokyo_waterfront_map_main.html（地図はこちら） 内容： ヒト遺伝子の統合データベースH-Invitational Database（H-InvDB; http://hinv.jp/）は、ヒト遺伝子の構造、タンパク質の機能、立体構造、 細胞内局在、発現パターン、多様性、分子進
What is SeqAn?
What is SeqAn?SeqAn is an open source C++ library of efficient algorithms and data structures for the analysis of sequences with the focus on biological data. Our library applies a unique generic design that guarantees high performance, generality, extensibility, and integration with other libraries. SeqAn is easy to use and simplifies the development of new software tools with a minimal loss of p
HTS mappers
About This page attempts to provide an up-to-date compendium of HTS mappers initially provided in the article "Tools for mapping high-throughput sequencing data", Bioinformatics (2012) 28 (24): 3169-3177. Any suggestions are welcome. If your mapper is not listed or you want to update the data for your mapper then please let us know by filling this form and we will update the list. Mappers Timeline
Open-bio.jp
オープンバイオ研究会 オープンソースのバイオインフォマティクスプロジェクトを推進 英名 Japan Open Bioinformatics Research Group 通称 Open Bio Japan 略称 (O|B|J) See wiki for details. 目的 海外では、BioPerl, Biopython, BioJava, EMBOSS などバイオインフォマティクス用のソフトウェア開発プロジェクトを円滑に推進するために Open Bio Foundation (OBF) が重要な役割を果たしており、これらのソフトウェアを含む数多くのオープンソースソフトウェアがアカデミック／コマーシャルを問わず広く使われています。しかし、国内ではこれらのプロジェクトに関わっている開発者が少ないことや、日本語ドキュメントの不足からか、まだ十分には活用されていませんし、国際的にも貢献が足りな
Pfam: Home page
Pfam is a large collection of protein families, represented by multiple sequence alignments and hidden Markov models (HMMs)Please note: this site relies heavily on the use of javascript. Without a javascript-enabled browser, this site will not function correctly. Please enable javascript and reload the page, or switch to a different browser. Pfam 23.0 (July 2008, 10340 families) The Pfam databas
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WABI - ALGO 2012
http://www.oxfordjournals.org/our_journals/bioinformatics/nextgenerationsequencing.html
Visualization of protein sequence features using JavaScript and SVG with pViz.js | Bioinformatics
東京工業大学_情報理工学院_情報工学系_秋山研究室
Redirecting…
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