SC15のBioinformaticsセッションの論文紹介 - それなりにマジメなメモ
11/１5-11/20にスパコンのランキングが発表されることで有名なSCがあった。今年もbioinformatics関係のセッションがあり、3つ論文があったのでせっかくなので読んでみたので簡単な論文紹介と感想の記事。 今回、発表のあった論文は以下の３つ。 Evangelos Georganas, Aydın Buluç, Jarrod Chapman, Steven Hofmeyr, Chaitanya Aluru, Rob Egan, Leonid Oliker, Daniel Rokhsar, and Katherine Yelick. 2015. HipMer: an extreme-scale de novo genome assembler. In Proceedings of the International Conference for High Performance C
Xeon Phiのプログラミングについての情報(2) Offloadによるプログラミング - それなりにマジメなメモ
Xeon Phiを使ったプログラムの実行としては以下の方法がある。 Native実行用にコンパイルされた実行ファイルをXeon PhiにSSHでログインして直接プログラムを実行 MPIを使って実行 Offloadを使用したプログラムによる実行 今回はOffloadを使用したプログラムを作ったのでその解説を簡単にする。 Offloadを使用したプログラミングについて Offloadを使用したプログラミングを簡単に説明するとGPUプログラミングのような使い方になる。 Intelが公開している資料等は以下のところにある。 http://software.intel.com/en-us/mic-developer 実際のプログラミングはOpenMPの様にディレクティブを使ってXeon Phiへのデータ転送やプログラミングの指示を行う。 基本的な実行の流れは以下の通り。 CPU側でXeon Phiで
大規模グラフアルゴリズムの最先端 - iwiwiの日記
昨日，PFI セミナーにて「大規模グラフアルゴリズムの最先端」というタイトルで発表をさせてもらいました．スライドは以下になります． 大規模グラフアルゴリズムの最先端 View more presentations from iwiwi 当日は Ustream もされており，録画された発表もご覧になれます． http://www.ustream.tv/recorded/19713623 内容の流れとしては，以下のようになっています． 導入 アルゴリズム界隈での話題 最新の研究動向 道路ネットワークでの最短路クエリ処理 基礎的な手法：双方向 Dijkstra，A*, ALT 最新の手法：Highway Dimension + Hub-Labeling Algorithm DB 界隈での話題 最新の研究動向 複雑ネットワークでの最短路クエリ処理 基礎的な手法：ランドマークを用いた最短距離推定 最
｢スカラー･チューニング講習会｣と｢並列プログラミング(MPI)講習会｣で配布したテキスト｜HPC High Performance Computing｜ACCC. RIKEN
（2009年7月21日更新） 注意 原稿をイメージデータとして読み込んでPDFファイル化したため ､ サイズが大きくなっています。 全ページを含むファイルと ､ 章(またはいくつかの節)ごとに分割したファイルの2種類があります（内容は同じです）。 テキストの内容は今後不定期に加筆修正します ｡ ファイル名の末尾についている ｢20xx-xx-xx ｣ は、そのファイル内のページが最後に更新された日付を示します ｡ 簡易製本する際は ､i, iii, vページ(vは(2)のみ) ､ および本文の奇数ページ(例えば1-1,1-3, ･ ･ ･,2-1,2-3, ･ ･ ･)が ､ 見開きした右側のページになるようにして下さい ｡ 下記資料に関するお問い合わせは までご連絡下さい ｡ (1) 「チューニング技法入門」(旧「チューニング技法虎の巻」) 「スカラー・チューニング講習会」 で配
GPUチャレンジ2010のメモ - それなりにマジメなメモ
ちょっと前ですが5月27日にSACSIS2010に行ってGPUチャレンジ2010の自由課題に応募して優勝したときの内容を発表してきました。 GPUチャレンジについては↓ GPU Challenge 2010 あとマイコミでも取り上げられていたのでそちらもどうぞ。 NVIDIA、学生参加コンテスト「GPUチャレンジ2010」の表彰式 | パソコン | マイコミジャーナル 学生参加コンテストって書いてあるけど自由課題は助教授の人とかもokなので学生だけじゃないんですけどねｗ 応募した論文？は以下から見ることができますのでよろしければご覧ください。 GPUによるDNA断片配列の高速マッピング(pdf) 今回は規定課題のプログラムや自由課題のレポートはすべて公式ページにて公開されていますので興味のある方はそちらもどうぞ。 ホントはひっそりと参加してた規定課題の高速化についてあれこれ書こうと思ったけ
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並列/分散/協調処理に関するサマー・ワークショップ Summer United Workshops on Parallel, Distributed and Cooperative Processing
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502 Bad Gateway nginx openresty 54.249.85.140
