IS法 その5 - white page
saisとsais-liteを更新。BWTとOpenMP用のコードを追加しました。これでマルチCPUやマルチコアCPUを搭載したマシンならSuffix arrayの構築時間が少し短縮できる・・かもしれません。 CMake version File: sais-lite.zip Size: 13,154 bytes SHA1: 904f22769fbc974f6b49c9f38d0cb38b9091cb89 CMake version File: sais.zip Size: 26,620 bytes SHA1: c21bc6f1d3ece5485fb05604ca4bfaee388a73ab あと、Java言語版を作ってみました。さすがにC言語版より遅いけど、とりあえずちゃんと動作します。 Java language version File: sais-java.zip Size: 9,
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Burrows-Wheeler変換の線形時間アルゴリズム - DO++
研究紹介です。今夏のSPIRE 2009という学会で "A Linear-Time Burrows-Wheeler Transform using Induced Sorting", D. Okanohara, K. Sadakane, SPIRE 2009 pdf(draft) というのを発表します。これは与えられた文字列に対し接尾辞配列を経ないでBurrows-Wheeler変換を直接行うというもので、アルファベットサイズによらず入力長に対して線形時間で行えます。基本的なアイディアは昨年のInduced Sortingによる接尾辞配列の線形時間構築アルゴリズム（いわゆるSAIS）を接尾辞配列を使わないでシミュレートするものです。pushとpop操作だけからなり、そのまま外部記憶上での構築とかにも対応できるようになっています。 Burrows-Wheeler変換（BWT, Block S
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