ネットワーク分析をもうちょっと勉強 - でたぁっ 感動と失敗の備忘録
マーケティング施策や商品開発の糸口を発見する為に購買履歴データでネットワーク分析を行っているのだが、今年に入りノードやエッジの数が多い隣接行列を取り扱うようになってきた。といってもまだまだビッグデータとはいいがたいが。。。cytoscapeにくわせOrganicレイアウトで表示するとこんな感じです。（他の設定はデフォルト） 今後はもっとデータ量が多くなりそうなので、ネットワーク分析をもうちょっと勉強。 これまで参考にしていたのはRで学ぶデータサイエンスの#8ネットワーク分析。R+igraphで中心性指標を計算したり、コミュニティの抽出などはさくさくできる。会社の先輩に話をすると、もっと勉強になる資料があるよと九州工業大学の竹本先生の資料を教えてくれた。2013/3/8に開催された第2回 Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会で発表された資料らしい。タイトルは「R+igraphではじめ
Community Detection In R - igraph
1 Clique percolation Clique percolation is a community detection method developed by Gergely Palla and his co-workers, see Palla, Gergely, Imre Derényi, Illés Farkas, and Tamás Vicsek. 2005. Uncovering the overlapping community structure of complex networks in nature and society. Nature 435(7043):814-8. Pubmed Arxiv. This algorithm is not implemented in igraph, but here is a quick (and rather inef
Welcome to igraph's new home
igraph – The network analysis package igraph is a collection of network analysis tools with the emphasis on efficiency, portability and ease of use. igraph is open source and free. igraph can be programmed in R, Python, Mathematica and C/C++. igraph R package python-igraph IGraph/M igraph C library python-igraph 0.9.6, the fourth bugfix release of the 0.9 series, has arrived. The preferred way of
Cytoscape + R + igraph
2011年11月(1) 2011年01月(1) 2010年06月(1) 2010年04月(1) 2010年03月(3) 2009年12月(2) 2009年10月(1) 2009年08月(3) 2009年04月(3) 2009年03月(5) 2008年10月(2) 2008年09月(2) 2008年08月(1) 2008年07月(8) 2008年05月(1) 2008年04月(12) 2008年03月(5) 2008年02月(5) 2007年11月(5) 2007年10月(4) Rはあらゆる統計や科学の世界で使われている便利な統計パッケージですが、そこにigraphと言うグラフ関連のライブラリがあります。この中には、複雑ネットワークなどの研究に便利な様々なデータモデルとオペレーションが用意されています。しかしながら、これらはあくまでコマンドラインとバッチ処理を念頭に作られたものなので、インタ
igraphパッケージを使ってみる - kmgs100の日記
Rでグラフを扱うためのパッケージは結構あるようで、CRAN Task ViewのgRaphical Models in Rにまとめられています。 最近igraphで遊んでみましたので、メモを残しておきます。 1. インストールとライブラリのロード 特に変わったところもなく、 install.packages("igraph") library(igraph)でOK。 2. ちょっとした作図 山手線と総武線の路線を、タブ区切りで二項関係として記したファイルを読み込んでみます。 これをa.txtとします。 東京 有楽町 有楽町 新橋 新橋 浜松町 浜松町 田町 田町 品川 品川 大崎 大崎 五反田 五反田 目黒 目黒 恵比寿 恵比寿 渋谷 渋谷 原宿 原宿 代々木 代々木 新宿 新宿 新大久保 新大久保 高田馬場 高田馬場 目白 目白 池袋 池袋 大塚 大塚 巣鴨 巣鴨 駒込 駒込 田端 田端
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