2019 4/15 Githubリンク追加 2019 6/21 seqmit sample コマンド追記 2019 8/7 help追加 2019 8/8 stats追記 2020 3/18 help更新 2021 ツイート追加（対応するバージョンを使っている人は注意） 2016年に発表されたfastqの操作ツール。競合ツールより多機能とされる。seqtkと同様、動作は非常に早い。メモリ使用量はseqtkより少ないとされる。 マニュアル Usage - SeqKit - Ultrafast FASTA/Q kit チュートリアル Tutorial - SeqKit - Ultrafast FASTA/Q kit 公式マニュアルの機能比較。競合のツールより多機能に見える。 公式マニュアルより。 2023/03/22 SeqKit has got 1000 citations 🎉 We've

2020 3/1 コマンド修正 2024/04/17 help更新 Integrative Genomics Viewer（IGV）やUCSCゲノムブラウザなど、NGSデータの表示に利用できる洗練されたリソースが存在するが、領域のエクスポートとpublication用の図の組み立ては依然として困難である。特に、トラックの外観のカスタマイズとtrack replicatesのオーバーレイは、手動で時間のかかるプロセスである。ここでは、RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seqなど、NGSベースのトラックからpublication可能な高解像度のベクターグラフィックフィギュアを自動生成するツールであるSparKを紹介する。 SparKの新しい機能には、replicatesの平均化、標準偏差トラックのプロット、大幅に変更された領域の強調表示が含まれる。 SparKはPython 3で記述

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論文要約シリーズ第1弾！ 論文じゃなかったレビューだった。 Single-cell RNA sequencing technologies and bioinformatics pipelines Experimental & Molecular Medicinevolume 50, Article number: 96 概要 Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) は、がんゲノム分野は勿論のこと、マイクロバイオーム分野でもbulkのRNA-seqと比較して個々の細胞の多様性を観測することができる点で優れており、希少な細胞集団や、遺伝子間相互作用、分化中の細胞系譜等を明らかにすることができる。 同様のセルタイプであってもヘテロ性を持っていることが様々な研究から明らかになっている。 このレビューでは、single cellの単離、ライブラリの調整、データ

中東のオマーンに日本人の血を引く王女がいる。名はブサイナ。父はタイムール元国王、母は大山清子という日本人だ。 ２人の出会いは１９３５（昭和１０）年の神戸。王位を退き、アジアをめぐる船旅に出ていた当時４８歳の元国王は、１９歳の清子とダンスホールで知り合い、恋に落ちた。元国王は翌年再来日し、結婚と日本移住を決意。２人は神戸市内の洋館で暮らしはじめ、女の子が生まれた。それがブサイナ王女だ。 ところが、清子は結核のため…