bPTP species delimitation bPTP web server Look up jobs Help About PTP and bPTP PTP paper Download PTP and bPTP Server status Free cluster nodes: 8 Total cluster nodes: 10 bPTP server: a Bayesian implementation of the PTP model for species delimitation with PhyloMap for visualization Please cite: A General Species Delimitation Method with Applications to Phylogenetic Placements. Zhang, Jiajie, Kapl

植物の説明で足りない内容を補足する予定です。このサイトで取り上げた遺伝子マーカーなどに限ってアルファベット順で紹介しています。 このページは、未完成です。随時、加筆・修正する予定です。 また、主に被子植物に関することなので、他の生物と異なる記述が含まれています。ご了承下さい。 予め断っておきますが、この分野に関しては無知です。内容に誤りがございましたら、お知らせ下さい。 最新の更新：2007年 5月14日 cpDNA（chloroplast DNA；葉緑体DNA） 関連：アスター属、アブチロン属 ETS region（External Transcribed Spacer region；ETS領域、外部転写スペーサー領域） nrDNAでは18Sと26Sの間に挟まれたIGS領域の一部で、18Sの5’末端と隣接しています。 被子植物のETSはITS1とITS2を足した長さよりも長いそうです。ま

ここでは動物の時計遺伝子をリストアップしました。その他の生物はEUCLISを御覧下さい(英語)｡ ※遺伝子の大文字小文字イタリックなど表記方法は「遺伝子の記述方法」に移動しました。 ノックアウト・変異体の一覧は別ページを参照。List of KO mouse and mutant fly

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国際塩基配列データベースで使用する核酸コードは以下の通りです。 全て小文字を使用します。大文字で登録された場合には、自動的に小文字に変換されます。

最近ではベイズ法を用いて（MrBayes を用いて）系統解析を行う論文も大分増えており， 方法論としてはほぼ定着した感があります。 しかしその原理や考え方についてはあまり広く理解されていないようでもあります。 そこで，筆者が幾つかの文献や資料を読んで理解した範囲で，その考え方を紹介しておきたいと思います。 筆者は数学（統計学）を専門にしているわけではありませんので，数学的に厳密な解説ではないかもしれませんが， その程度の解説と思って読んでいただければいいと思います。 正確・詳細な解説については末尾の参考文献・サイトを当たってみてください。 なお，間違いなどがありましたら，ご指摘のほどよろしくお願い致します。 ベイズの事後確率（Bayesian posterior probability）が最大となるような系統樹を求める方法です。 これは最尤法が尤度が最大となるような系統樹を求める方法である