実験化学者が作るPCクラスタ
実験化学者が作るPCクラスタ 最新日2008年1月5日 実験研究者(Linux初心者）でも、自分の実験結果をすぐにコンピューターで理論計算することが簡単にできる時代になってきたと思います。初心者である 私が、デュアルコアプロセッサのPentiumDを使って小規模な計算機ネットワーク（Linuxクラスタ）を構築したときの苦労した点などをまとめたの がこのホームページです。 Read me first （はじめに） PCクラスタとは（Linux初心者のために） 構想（パーツの決定とLinux・ソフトの選択） パーツ組み立て Fedoraのインストール 設定 NFSとNIS yumサーバーの構築 セキュリティー インストール フォートランコンパイラ MPI Gaussian GAMESS VASP ABINIT 問題点とTips KNOPPIXによるミラー＆バックアップ PCクラスタのベンチマー
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[2019/8/23] 遅ればせながら、接続をSSL化しました。httpでアクセスするとhttpsにリダイレクトされるようになっていますが、お手数でなければブックマークの変更をお願いします。 [2016/7/17] いくつかの記事を再アップロードしました。当時の公開日時のままですので(古いものだと2006年に書いたものもありますね…もう10年も前ですか！)、ページ上部のメニューから辿ってみてください。反応解析については、元々書いたのが古すぎるので、現在の環境で再度計算して記事にしていきたいと思います。 私が最初に備忘録的に計算化学のことを書き連ね始めたのが2001年頃。当時はインターネット上に日本語の情報が乏しく、当サイトの情報には多少の意義があったように感じます。しかし時は流れて2015年。もはや多くのページは意義がほとんど失われました。 例えば、今であれば下記のようなサイトをご覧になっ
分子力学法 - Wikipedia
力場がこのエタン分子の結合伸縮エネルギーを最小化するために使われる。 分子力学法（ぶんしりきがくほう、Molecular Mechanicsの頭文字よりMM法と略される）あるいは分子力場計算（ぶんしりきばけいさん）は、分子の立体配座の安定性や配座間のエネルギー差を原子間に働く力によるポテンシャルエネルギーの総和によって計算する手法のことである。 分子の持つエネルギーはシュレーディンガー方程式を解くことによって計算することが可能であるが、これは分子を構成する原子および電子の数が多くなると計算量が急激に増加し困難になる。 しかしその一方で、分子の内部の原子同士に働く力はその原子の種類や結合様式が同じならば、別の種類の分子でもほぼ同じである。例えばsp3混成の炭素原子と水素原子の結合距離はどのような分子でもほぼ0.11 nm、結合エネルギーはほぼ4.1×102 kJ mol−1、赤外吸収スペクト
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