紅麹菌（Monascus）を米に生育させた紅麹米は，世界中で食品として利用されている．近年は天然色素としての着色料だけではなく，血圧低下作用やコレステロール低下効果など機能性食品としての利用も高まっている．紅麹菌はヒトの健康に良い効果をもたらすモナコリンKやアザフィロン色素を生産する一方で，健康を害すると考えられるカビ毒シトリニンも作る．したがって，安全に食品として利用できるカビ毒シトリニンをつくらない紅麹菌の産業利用が望まれる．我々は，紅麹3菌種について次世代シークエンサーを用いたゲノム解析とLCMSを用いた二次代謝物解析を行った．その結果，ゲノムレベルと代謝物レベルでカビ毒シトリニンを生産しない紅麹菌株としてMonascus pilosus NBRC 4520とMonascus ruber NBRC 4483を見出した．また，Monascus ruberについてはシトリニンを生産するこ