ケムインフォマティクスに虚空投げ
OpenBabelでエネルギー計算ができるようになって、さらに便利になりました。そこで、超シンプルな配座探索プログラム(obconfopt)を作ってみました。 基本的には、ランダムに配座を発生させ、最安定な配座を探すというランダム探索法を採用しています。 Step 1. 初期配座の入力 ↓ Step 2. torsion角をランダムに設定し、新しい配座の生成。 ↓ Step 3. Energy Minimization ↓ Step 4. 前に発生させた配座と異なっていれば保持する。 ↓ Step 5. 終了判定 終了するまでは、Step2からStep5を繰り返します。 ここで、Step2はobrotateを、Step3はobenergyとobminimizeを、そしてStep4はobfitを参考にすることができます。簡単ですので、興味のある方は、作ってみてください。 例としてペンタンを使
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Reaching for high-hanging fruit in drug discovery at protein–protein interfaces - Nature