ざっと見たところ簡単な方法はなくて、何らかの手段でInnoDBの内部変数srv_data_file_namesとsrv_data_file_sizesの値を引っこ抜く必要がありそうです

sh2sh2 のブックマーク 2013/01/08 18:00

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check_mysql_queryで範囲指定 - InnoDBの空き容量を監視する - (ひ)メモ

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