BUGJA - BUGJA - Bioperl Users Group in JapanBUGJA って何? † BUGJA（ばぐじゃー：Bioperl Users Group in Japan）は、Perl のバイオ系のモジュール群である bioperl ( http://www.bioperl.org/ ) の日本でのユーザーグループです。 日本語のドキュメントを整備したり、日本語で議論のできる場をつくっていきます。 ↑
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このサイトは生物学研究者、田邉(田辺)晶史の公式個人Webサイトです。筆者の研究活動などについて掲載しています。ご連絡は まで。 自己紹介 博士(生命科学)。現在は東北大学大学院生命科学研究科助教。専門は群集生態学、進化生態学。研究対象は魚、二枚貝、水生昆虫、プランクトンなど。 履歴 1980年11月26日 三重県久居市(現津市)に生まれる 1987年4月 久居市立誠之小学校入学 1993年3月 久居市立誠之小学校卒業 1993年4月 高田中・高等学校6年制入学 1999年3月 高田中・高等学校6年制卒業 1999年4月 静岡大学理学部生物地球環境科学科入学 2003年3月 静岡大学理学部生物地球環境科学科卒業 2003年4月 東北大学大学院生命科学研究科生態システム生命科学専攻博士前期課程入学 2005年3月 東北大学大学院生命科学研究科生態システム生命科学専攻博士前期課程修了 2005
FrontPage - JAMBO (Japan EMBOSS Users Group)
Last-modified: Thu, 17 Jul 2008 09:42:40 JST (73d) JAMBO (Japan EMBOSS Users Group) Wiki † Jambo! Habari yako? このサイトについて ドキュメント FAQ EMBOSS翻訳プロジェクト メーリングリスト 雑談 リンク ↑ News † 2008/7/17 Version 6.0.1 リリース EMBOSS 6.0.0でいくつか問題が見つかったため、7/16にEMBOSS 6.0.1が緊急リリースされました。下記のURLからダウンロードできます。 ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/ 動作確認情報もお待ちしております。 2008/7/16 Version 6.0.0 リリース 7/15にEMBOSS 6.0.0がリリースされました。下記のURLから
phred によるベースコール
[系統解析のための色々] phredによるベースコール オートシーケンサから得られるデータは塩基配列そのものではなく、多くの場合各塩基に対応した波長光のシグナル強度の時間的変化を記録した波形ファイルとなっている。シーケンサの制御ソフトが標準でそのデータから塩基配列を読み出す(この操作をベースコールと呼ぶ)ものもあるが、エラーの有無を確認したり、信頼性を評価するには直に波形ファイルを扱った方がよい。 ここでは、優秀なベースコールソフトウェアであるphredを利用して日立製スラブゲル型オートシーケンサSQ-5500から得られるSCFファイルと、AppliedBiosystems製キャピラリ型オートシーケンサPrism 310および3730xlから得られるAB1ファイルからベースコールを行い、phredが出力するベースコールの信頼性と波形を同時に参照しながら配列を確認・編集するまでを説明する。S
phred/phrap/consedを使う
phred/phrap/consedは米国ワシントン大学のProf. Phil Greenのプロジェクトで誕生したソフトである．ABIなどのオートシーケンサーのファイルからのベースコール（純正のベースコールよりも正確という），配列の連結（アセンブル），元の波形データを参照しながらのコンティグの編集という，買えば数10万円以上する高機能ソフトウエア一式が，アカデミックユーザーには無料で試用できる．ただし，アカデミックユーザーにはバグレポートが義務付けられている． インストールから始めるときにはこのまま，システム管理者からアカウントをもらってインストール済みのシステムを利用するユーザーは ４．ユーザー側の設定 以降を参考にされたい．ユーザー側の設定も誰かにしてもらった場合には５．ベースコールとアセンブル以降を参考にされたい． １．ソフトの入手 http://www.phrap.org に入手の
FrontPage - Bioinformatics-Wiki
Well come to my Wiki ! ようこそBioinformaticsのWikiへ このWiki Pageは鈴木徹の大学院講義のための資料として作っているものです。 今年の講義予定 ２００６年5月２３日から、本年度の講義を始めます。 1:00PMにゲノム研究棟2階研修セミナー室に集合してください。 What's New? MacBook proを購入したので、Intel版でUnix環境の設定を検証しました。 Xcode, X11は、同じ手続きです Finkもほぼ同じ Arbも同じ Consedは今のところIntelMacに対応していません。自前ソースコードからMakeするか、Parallels、VMware上で、Linux版を動かせば良いのか思案中。 久しぶりに新しい項目をいれました cis-エレメントの解析 フリーソフトのバイオインフォマティクス総合ソフトCLC Fr
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