iPhoneに初めてSpotlightが搭載されたときも同様のことがあった気がしますが。 iPhone 3GをiOS4にアップデートした人も多いと思いますが、どうもアップデートするとSpotlight検索の対象項目が自動的にすべてオンになってしまうようです。 これだとSpotlightのインデックスを構築している間iPhoneの動作が重くなってしまいます。 というわけで、 設定 → 一般 → ホームボタン → Spotlight検索 を確認して、検索対象にしたくない項目やデータが多そうな項目はチェックを外してしまいましょう。