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Graphviz は、人や物のネットワーク、フローチャート、系統樹などに適したグラフ描画ツールです。Windows、Mac、Linux など多くの OS で利用できます。 まずシンプルな例から見てみましょう。次の図は夏目漱石『坊ちゃん』の人間関係をグラフにしたものです。 Graphviz のデフォルト設定では、この図のようにそれぞれの事物(ノードと呼びます)を楕円で描画し、ノードとノードを線(エッジと呼びます)で結びます。デフォルトではエッジは片方向の矢印で表現されますが、ここでは少し工夫して、人物の敵対関係を双方向の矢印で、また一方的関係を片方向の矢印で示してみました。 もう少し複雑な例を見てみます。図2 は Graphviz の公式サイトにあげられているものです。ここではノードの形が楕円から円に変わっています。二重の円になっているものもあります。またノードだけでなく、それぞれのエッジ(
Cytoscape is an open source software platform for visualizing molecular interaction networks and biological pathways and integrating these networks with annotations, gene expression profiles and other state data. Although Cytoscape was originally designed for biological research, now it is a general platform for complex network analysis and visualization. Cytoscape core distribution provides a b
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