Compressed Suffix Arrayの解説(1) -Suffix Array- - EchizenBlog-Zwei
< ---- < | > Compressed Suffix Arrayの解説(2) -SAの計算量- > ================================================ 最近(でもないか)話題のCompressed Suffix Array(CSA)について解説してみる。 CSAとはSuffix Array(SA)のインデックスを圧縮して小さくしたもの。大規模テキストデータに対する検索インデックスを作る場合など少しでもインデックスを小さくしたい場合に使われる。 CSAを知るにはSAから！ということで今回はSAの解説を。 Suffix Array(SA)とはデータ構造の一種で事前に(サイズがNの)テキストに対してインデックスを作っておくことでキーとなる文字列を入力として与えるとテキストに含まれるキーの位置をO(logN)で探索できる、というもの。 たとえば
横着プログラミング 第9回: sary: Suffix Array のライブラリとツール
最終更新日: 2002-12-18 (公開日: 2002-12-18) Unix Magazine 誌に 2002年1月号から 2003年2月号にかけて連載し ていた記事の元の原稿です。 私にフローチャートだけを見せて、テーブルは見せないとしたら、 私はずっと煙に巻かれたままになるだろう。逆にテーブルが見せて もらえるなら、フローチャートはたいてい必要なくなる。 -- Frederick P. Brooks Jr. *1 プログラミングにおいてはデータ構造が重要であり、正しいデータ 構造を選択すればアルゴリズムは自明なものとなる、という主張が ある。Rob Pike*2 の "Notes on Programming in C" *3 によると、現実的なプログラムに必要なデータ構造は次の 4つであ るという。 配列 (array) 連結リスト (linked list) ハッシュテーブル
Burrows Wheeler Transform と Suffix Array - naoyaのはてなダイアリー
,. -‐'''''""¨¨¨ヽ (.＿＿_,,,... -ｧァﾌ| あ…ありのまま 今日 起こった事を話すぜ！ |i i| }! }} /／| |l､{ j} /,,ｨ//｜ 『BWT について調べていたら Suffix Array のライブラリができていた』 i|:!ヾ､_ﾉ／ u {:}//ﾍ |ﾘ u' } ,ﾉ _,!V,ﾊ | ／´fト､_{ﾙ{,ィ'ｅﾗ , ﾀ人 な… 何を言ってるのか わからねーと思うが /' ヾ|宀| {´,)⌒`/ |<ヽﾄiゝ おれも何をされたのかわからなかった… ,ﾞ ／ )ヽ iLﾚ u' | | ヾｌﾄﾊ〉 |／_／ ﾊ !ニ⊇ '／:} V:::::ヽ 頭がどうにかなりそうだった… /／ 二二二7'T'' ／u' __ /:::::::/｀ヽ /'
BlockSorting
BlockSortingは、今までのデータ圧縮で有名な方法であるLZ法とは全く違う、ユニークな操作を用 いてデータを圧縮する方法であり、M.BurrowsさんとD.J.Wheelerさんが作者なので「BWTransform」 ともいいます。 このアルゴリズムは簡単に言ってしまえば、「データをぐるぐる回してソートして出力」というも のです。簡単すぎるかもしまいませんが、本当にそうなんです。 ちなみに、このBlockSorting、単体では全く圧縮しません。ただ可逆な形にデータを変換すると いうものです。しかし、BlockSorting後のデータは非常に圧縮されやすい状態になります。例える と、色々な形をしたスポンジ（データ）が箱にごちゃごちゃに入って山積みになっているとします 。 これをそのまま上からギューっと押しつぶすのがLZ法やHuffman法なのに対し、一度、形が似た も
無題ドキュメント
次に、各Suffixにおける大小関係を定義します。この大小関係は辞書式順序です。辞書式順序とは、辞書に並んでいる通りの順番であり、簡単に言えば、 (1)両Suffixを頭（左）から順番に一文字ずつ比較していき、初めて違うところで、文字の大小関係で比較を行う (2)もし、二つを比較していき、片方のSuffixが終わりに達してしまったら、そちらの方が小さいと定義する。 例えば、(1)は上の例でいえば、 S5 と S7を比較するとすると S5 adabra S7 abra 一文字目は両方ともaで、同じなので二文字目（赤い部分）を比較すると、dとbであり、文字の大小関係で d > b なので S7 < S5 という大小関係がつきます。 (2)については、S0 と S7を比較すると S0 abracadabra S7 abra で、頭から4文字は同じであり、S7はデータの最後に達しました。この
[を] Suffix Array の解説文書のリンク集
Suffix Array の解説文書のリンク集 2006-04-10-3 [Algorithm] Suffix Array について解説している日本語による文書のうち、 Webで閲覧できるもののリンク集。随時更新予定。 - 用語解説: Suffix Array (PDF) via http://ta2o.net/tools/sufary/ - Suffix Array の解説 in D論 (PDF) via http://ta2o.net/tools/sufary/ - 横着プログラミング 第9回: sary: Suffix Array のライブラリとツール http://0xcc.net/unimag/9/ - Suffix Arrayの簡単な説明 http://sary.sourceforge.net/docs/suffix-array.html - Suffix Trees and
![[を] Suffix Array の解説文書のリンク集](https://cdn-ak-scissors.b.st-hatena.com/image/square/af37977ee866988286b95e74fff98500a190545c/height=288;version=1;width=512/https%3A%2F%2Fchalow.net%2Fimages%2Ftcl-logo-25.png){kind=logo}
接尾辞配列 - Wikipedia
接尾辞配列（せつびじはいれつ）やサフィックス・アレイ（英: suffix array）とは、文字列の接尾辞（開始位置を異にし終端位置を元の文字列と同じくする部分文字列）の文字列中の開始位置を要素とする配列を、接尾辞に関して辞書順に並べ替えて得られる配列である。接尾辞木の配列版。主に文字列探索、全文検索などに利用される。1990年に Udi Manber と Gene Myers が発表した[1]。
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