cronを設定することにより、指定のコマンドを指定時間に実行できるようになります。このcronを利用するには、crondデーモンが起動している必要があります。 cronは多くのディストビューションでインストール直後からなんらかの設定がされています。この設定は/etc/crontabファイルに記述されており、それぞれ/etc/cron.daily,/etc/cron.hourly,/etc/cron.monthly,/etc/cron.weeklyディレクトリ内にあるコマンド(スクリプト)を/etc/crontabに設定された日時に実行されます。参考までにこの設定をのぞいてみるのも良いでしょう。夜中の4時に勝手になにかが動いている理由がわかります。