菅直人副総理兼国家戦略担当相は22日、NHK番組で、行政刷新会議の事業仕分けで大幅削減とされた次世代スーパーコンピューター開発予算に関し「政策判断は政治的に行う。科学技術分野は見直すことになるだろう」と述べ、概算要求を維持させる考えを示した。 2009年度概算要求で267億円の開発予算は事業仕分けで「予算計上見送りに限りなく近い削減」と判定された。作業を統括する民主党の枝野幸男元政調会長はフジテレビ番組などで「経済効果がきちんと説明されていたら、今の結論にならなかった」と政府の説明不足を指摘。「刺激的に判定したことが前向きの議論につながる」として、問題提起の意義を強調した。