Androidアプリ開発時に使うEclipseなどとは違い、Xcode上のファイルグループ分けと実ファイルの物理構成はリンクしているわけではないので、実ファイルをどのように配置していくのかはプロジェクト初期にメンバーで都度決めていると思います。 自分がいつもやっているのは実ファイルをMVCに分類し、Classesディレクトリの下にMVCディレクトリを作りそこに配置していくことです。 例としてクラスAModel,BModel,AControllerとリソースであるstoryboardやxibがある場合は次のようにしています。 SampleProject/Classes/Models/AModel.h SampleProject/Classes/Models/AModel.m SampleProject/Classes/Models/BModel.h SampleProject/Classes