「New Build System - Android Tools Project Site」 に書かれているように、Android Gradle プラグイン 0.7.2 から、ビルド済みの JNI 共有ライブラリ (.so ファイル) を配置する jniLibs フォルダがソースセットに追加されました。 Add jniLibs folder to source sets for prebuilt .so files. JNI とは Java Native Interface のことで、Java とネイティブコード (C や C++ で書かれたコード) の間のインターフェイスとして定義されています。 例えば、JNI によりネイティブの動的共有ライブラリを Java から使ったりできます。 Android アプリ開発においても、JNI を使用できます。 JNI Tips | Android