前回から舞台は一転、BIGHERO6は取り調べ室に入れられています。日本からの極秘任務で来た彼らは、研究所での騒動を追求されていた。 責任者であるフリ・ワムとベイマックスは収監され、残りのメンバーもFBIの監視付きで仮釈放される。 一旦マリーの家に帰った面々。もっともダメージが大きかったのはスーツを破壊されたゴーゴータマゴだったが、ハニーレモンはポシェットから不思議なエネルギーの塊を取り出し、彼女のスーツを修理する。 さらに学校のフットボール部の面々が話を聞き駆けつける。BIGHERO6に対する政府の対処に抗議活動を起こしに来たのだ。だがそれは目くらましで、騒ぎの隙にヒロ達と入れ替わることで、彼らを逃がすことに成功するのだった。 監視の目を逃れて研究所の島へやってきたBIGHERO6。周辺の警備をゴーゴーとフレッドが引きつけている間に、ヒロ、ハニー、ワサビ等は宇宙人の元へ急ぐ。途中現れたバ