Langevin dynamics - Wikipedia
In physics, Langevin dynamics is an approach to the mathematical modeling of the dynamics of molecular systems using the Langevin equation. It was originally developed by French physicist Paul Langevin. The approach is characterized by the use of simplified models while accounting for omitted degrees of freedom by the use of stochastic differential equations. Langevin dynamics simulations are a ki
分子軌道のcubeファイルをPyMOL上で開く : Ag++
2015年08月23日04:59 カテゴリ 分子軌道のcubeファイルをPyMOL上で開く この記事の内容はQiitaにてアップデートしました。 PyMOLで量子化学計算ソフトGaussianのcubeファイルを開いて分子軌道を表示する方法 PyMOLはVMDとまでは行きませんが、様々なファイルの可視化にも対応しています。 今回紹介するのは、Gaussian 09などで計算された分子の分子軌道（molecular orbital）をPyMOL上で表示させるテクニックです。 GaussViewやVMDなどの他のソフトを用いて可視化してもよいのですが、これを使うとこれらよりもはるかにきれいに表示できるのが売りです。PyMOL公式ページを見ると確かに分子軌道の表示の例が示されているので、できるんだろうと思って色々トライしてみたのですが、後述の仕様により少しそれを行うのに苦労しました。 その時のエ
レプリカ交換法 - Wikipedia
レプリカ交換法（レプリカこうかんほう、英: replica exchange method、レプリカ交換MCMCサンプリング）はパラレルテンパリング（parallel tempering、並列焼きもどし）法としても知られ、モンテカルロシミュレーションやマルコフ連鎖モンテカルロ法（MCMC）のサンプリング効率を改善するための方法である。SwendsenとWang[1]によって開発され、Geyer[2]によって拡張され、その後、特に、福島・根本[3]およびジョルジョ・パリージ[4][5]によって発展した。杉田と岡本はパラレルテンパリングの分子動力学法版を考案した[6]。これはレプリカ交換分子動力学（replica-exchange molecular dynamics、REMD）として知られている。 手法としては、始めに異なる温度でランダムに初期化された N 個の系のコピーを走らせ、メトロポリ
タンパク質分子において水素原子の位置が異なるアミノ酸構造の同型判定
今回は興味を持ってもらえる人が限定される記事だと思うけど、以前作ったコードを腐らせてしまうのも勿体無いので敢えて晒してみる。 生体内のタンパク質構造をX線回折やNMRで解析したデータの多くはPDB (Protein Data Bank)データとして登録される。以下に示すように原子タグ、原子の通し番号、原子名、アミノ酸名、アミノ酸の通し番号、原子の座標などがテキストで書かれている。そして、機能の解明などのために分子動力学(MD; molecular dynamics)計算プログラムなどでそれらのPDBデータは利用される。MD計算プログラムは世に沢山あるが、自分がよく使っていたのはAmberというソフトウェアだ。 PDBデータの一部 ATOM 1439 N ILE 212 52.408 -3.243 59.013 1.00 40.03 N ATOM 1440 CA ILE 212 52.511
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DMG-α Project — PyDMGA - DMGA Python Bindings 1.0.1 documentation
AMBER Advanced Tutorial 22 - Accelerated Molecular Dynamics (aMD) Example : Section 3
http://www.ch.embnet.org/CoursEMBnet/Pages3D08/slides/MD_cours_opt.pdf
Re: [PyMOL] drawing trajectory files
Replica Exchange
Conformational equilibria of methyl-alpha-L-iduronic acid in explicit water
NMRの基礎と実験
http://ieeexplore.ieee.org/ieee_pilot/articles/06/ttg2009061391/article.html