ブックマーク / srad.jp (4)

  • STAP細胞の非実在について#5 | kahoの日記 | スラド

    とりあえず論文が撤回の方向に進んでいるようでいくらか安心しました. 真相の解明までいくか分かりませんので,10%程度の安心ですが. 誤解を受けないように明記しておきますと,今日までこの解析を行うにあたって私は一切の圧力も感じませんでしたし,協力してくださった皆さんのおかげで大変助けられました.頭に血が上った上に何の制限もなかったおかげで,周りが見えなくなって大失敗もしましたが. 一段落したことで今回がSTAPについて書く最後になるかと思います.今回の大のメディアからも問い合わせを受け,名を出しても構わないと返答しましたので,これからはコメントをするとしても公式な手続きを踏んだものになるかと思います. ”input”の解析でまだここに書いていなかったものとして,CNV(copy number variation)解析を最後に書き留めます. これはChIP-seqの”input”データとい

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    mbr 2014/03/11
    しびれた。データの少なさを工夫と先行研究でもってカバーするそのやり方に。シーケンシングは専門外なので過剰に感激しているのかもしれないけれど、見習わなければならないなあ、と。結果については想定通り。
  • STAP細胞の非実在について#4 | kahoの日記 | スラド

    ※以下のエントリは完全に間違いでした.間違いをしたことを隠さないため削除しませんが,主張は過ちであることを注記しておきます. ここまで私はChIP-seqの”input”を元に解析を行ってきました. このデータはまだいくつかのことを教えてくれますが,内容がほぼ学術論文のようになってしまうので,遺伝子発現について先に見たいと思います. 今回彼らが公開したNGSデータはChIP-seqとRNA-seqの実験のものです.このうち遺伝子発現を見るのはRNA-seqであり,いくつかの図を示しています.このRNA-seqデータは調べたい内容に対して不適当なほど長い配列を読んでおり,扱いづらい(計算時間がかかる)のですが,今知りたいのは大まかなアウトラインなので先頭の50塩基だけを使った解析を行いました.NGSデータに馴染みのない方には何のことかわからないと思いますが,データの一部を取り出して遺伝子発現

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    mbr 2014/03/08
    なるほどねえ…。/クラスタリング結果だけでなく数字(距離そのもの、この場合は相関?)もあると個人的には納得感が増すかも。あと、クラスタリング手法に対してロバストかとか(もはやただの査読もどきコメント)。
  • STAP細胞の非実在について#2 | kahoの日記 | スラド

    前回の日記は思いの外反響があり,驚いています. 察していただいた方もいらっしゃった通り,私は件の論文に直接関わる立場ではないのですが,研究所の外から見れば「中の人」になります. 内部では実名でこのような活動をしており,隠れているつもりはありません.内部でどうしても解決できなかった場合は外へ向けて情報を出すでしょうが,それまではできるだけ内部での解決を目指しています. その目的は迅速な論文の撤回とできる限りの真相の解明がなされることであり,また動機は科学への信頼,研究所への信頼の棄損を許せないことが半分,この状態を曖昧にしておくことで私個人の研究活動も制限を受けかねないのでそれを防ぎたいという私利私欲も半分の動機となります. 科学的な事実を争う立場としては私は間違っていないという自信がありますが,政治的に勝利できるかどうかは全く分かりません. 更にいくつかの証拠をここに書こうと思いましたが,

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    mbr 2014/03/06
    ChrXの縦軸の違いの意味をコメントでようやく理解した。インフォ屋としてNGSも勉強すべきだと反省…。/STAP cellにせよSTAP stem cellにせよ、もともとのCD45+の集団とは違うものであるというような…。えーと…。
  • サーバに生まれ変わるなら | 国民投票 | スラド

    選択肢が少なくても文句禁止。だって、そもそもがジョークだし、場所は有限だし、選択肢を決めるのに事前投票なんてできないから。 なんか良い投票ネタがあったら是非タレコんでくれ(国民投票用と明記)。毎回かなり悩みまくりなんだな、これが。ぶつぶつ言わずに助けてくれよぅ。 この投票はとってもテキトーだ。四捨五入の誤差、投票マニア、ダイナミックなIP、 システムのバグ、プロキシーやファイヤウォールなんて考慮しちゃいない。統計だと思って このデータを大事な事に流用しようと思うなら小学校からやり直しましょう。

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    mbr 2009/12/19
    おおう、こんなすばらしい投票が行われていたのか…!さっそくメールサーバに投票だぜ!!/DBサーバとメールサーバのどちらかがいいなあ、と思ったらやはり人気があって妙に納得。最近はSPAMあるしDBがいいかも…。
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