Rと系統樹(1)同一祖先を持っていることを前提としている系統内の個体の子孫関係の推定結果を樹木の枝分岐の形式で示すグラフを系統樹と言う。その例としては、生物種や遺伝子などの進化関係を樹木状に表現したものがあげられる。系統樹の枝分かれは系統の分岐を示し、枝の長さは進化の程度や時間経過を表す。子孫は枝分かれする各ノードを最も近い共通祖先とする。系統樹の嚆矢はドイツの生物学者エルンスト・ヘッケル (Ernst Haeckel)であると言われている。 系統樹は生物学で主に研究・応用されていると思われがちであるが、人文科学の分野でも研究・応用が進められている[1][2][3]。それは、多くの文化現象(言語、写本、民俗など)、あるいは文化遺物が、同一の祖先から時間の流れとともに進化・変化したと考えられるからである[4][5]。近年、進化の視点で系統樹の手法を用いた工業製品の分析に関する研究が見られるようになっている
