Rのちょっと速いコードの書き方
Rはループ速度が段違いに遅いと言われる。確かにループとメソッド呼び出しで構成したマイクロベンチマークを実行すると、Javaが6.32秒、C++で6.33秒で終わる処理が、87時間18分16.0秒（推定値）かかったりする。S-PLUSやMatlabなどの他の同種の言語よりは高速か同等と指摘されているが、汎用言語に比べると断然遅い（Benchmark 2）。 もちろん大半の計算は問題ない。標本数１万ぐらいのサンプルでプロビット分析を行っても、1秒もかからず計算が終わる。コマンドを打っている時間の方が圧倒的に長い。しかし人間はどのような環境でも速度に憧れるものだ。そしてRでも短時間に処理を終わらせる為のコツはある。 1. パッケージや内部関数を使う 大抵の著名パッケージはC言語で実装されているので、内部的な処理は高速だ。Rではなるべくコードを書かない方が良い。スクリプト言語やインタープリッタ全般
「Rを教えるにあたってのクイック・ガイド」(日本語ユーザ編) - ここからゲノムと計算機すか
イメージングのデータをよりによって，エクセルで，カット・アンド・ペーストを繰り返し，徹夜して解析している4年生を見て，こりゃいかんと思い，Rのスクリプトを書いて，「ほら，こんなに作業が簡単になるでしょ?」と，Rをオススメするはずだった． ところが，反応はイマイチ．こんな難しいことやってられません，と言いたげな顔になってしまったので，いきなり負荷をかけすぎたかと反省．やはり，教えるのってムズかしい． かつむし日記 に触発されて。 いきなり脱線しますがこの勝虫さんのエントリで紹介されていたA Quick Guide to Teaching R Programming to Computational Biology Studentsが含まれているEducationシリーズは、研究でデータ解析を行う医学生物学分野の学生にとってお役立ちなノウハウが詰まった論文がひしめいているので、チェックしておか
RプログラミングTips大全 - RjpWiki
RjpWiki はオープンソースの統計解析システム R に関する情報交換を目的とした Wiki ですR 言語の実行制御フロー † R は多くの計算機言語と同じような Algol 風制御命令のセットをもつが、より柔軟である。 実行文 expr は単純実行文でも、(波括弧で括った)複合実行文(同一行に並べるにはセミコロンで区切る)でもよい。 ↑ 繰り返し for † 書式 (ループ範囲 range の各要素 arg に対して expr を実行 ) for(arg in range) expr 注意：for ループは一般に実行速度を遅くするボトルネックになりやすい。またコードが長くなり勝ちである。apply 関数ファミリの使用や、特にベクトル・行列・配列の成分ごとのループは専用高速関数が用意されているのでその使用を考える。 ループ範囲にベクトルを取る(基本) > x = 1:4 > for (i
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