西浦先生が日本の実効再生産数を推定した。 コードはrstanで下記から取れる。 https://nbviewer.jupyter.org/github/contactmodel/COVID19-Japan-Reff/tree/master/ 解説動画を見逃したのでコードと関連論文からのお勉強になるが、肝としては、 ・知りたいのは「感染した日」である。 ・診断日もしくは報告日は、データを収集して統計を取っているのでわかる。 ・診断されるには検査される必要があるから、だいたい症状か接触歴があって、発症日はそこそこデータがある。 ・感染した瞬間、はもちろん発病(はほとんど)していないのでわからない。 という前提がある。PDFの「患者」の観測データについて、の項。 (誰からから感染させられる)ー感染日ー発症日ー診断日/報告日という一連の流れについて、まったく情報がないわけではなく、いままでの数理モ