ブックマーク / mikuhatsune.hatenadiary.com (2)

  • 新型肺炎COVID-19の日本の実効再生産数を推定したrstanのコードを解説してみる - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備

    西浦先生が日の実効再生産数を推定した。 コードはrstanで下記から取れる。 https://nbviewer.jupyter.org/github/contactmodel/COVID19-Japan-Reff/tree/master/ 解説動画を見逃したのでコードと関連論文からのお勉強になるが、肝としては、 ・知りたいのは「感染した日」である。 ・診断日もしくは報告日は、データを収集して統計を取っているのでわかる。 ・診断されるには検査される必要があるから、だいたい症状か接触歴があって、発症日はそこそこデータがある。 ・感染した瞬間、はもちろん発病(はほとんど)していないのでわからない。 という前提がある。PDFの「患者」の観測データについて、の項。 (誰からから感染させられる)ー感染日ー発症日ー診断日/報告日という一連の流れについて、まったく情報がないわけではなく、いままでの数理モ

    netcraft3
    netcraft3 2020/05/13
  • 岩波データサイエンス Vol.5 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備

    読んだ。 岩波データサイエンス Vol.5 作者: 岩波データサイエンス刊行委員会出版社/メーカー: 岩波書店発売日: 2017/02/16メディア: 単行(ソフトカバー)この商品を含むブログ (3件) を見るCOI:自分で買ったが著者に知り合いがいる。 岩波データサイエンスシリーズの、スパースモデリングについて。 スパースモデリングというとデータ解析に馴染みのない人にはよくわからないかもしれないが、いわゆるLASSO である。LASSO も知らない生物系の人には厳しいけど。 医学生物学のデータは、オミックスとして大量にデータが取れるようになったが、パラメータが多くてサンプル数が少ないいわゆるp>>n 状況であり、真に意味のある数個のパラメータ以外は、影響力を0にしたい、というモチベーションの話。 画像処理とスパースの項は、画像処理でのノイズ除去とかそういう話を真剣に書きすぎて、他の項よ

    岩波データサイエンス Vol.5 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備
    netcraft3
    netcraft3 2017/02/25
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