内閣府地方創生推進室の職員が2015年8月、愛媛県今治市などに出張した際、学校法人「加計学園」(岡山市)の車を使用したとみられる問題があり、内閣府は15日の野党合同会合で、交通手段の欄に「官用車」と記した職員の出張記録を公表した。学園側から便宜供与を受け、虚偽記載をした可能性がある。内閣府担当者は矛盾を認め「確認中」と説明。学園の獣医学部新設に関する新たな疑惑が浮上した。 この職員は当時、内閣府地方創生推進室次長だった藤原豊経済産業省官房審議官。学園が獣医学部新設に活用した国家戦略特区を担当していた。
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