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  Biopythonを使ったバイオインフォマティクス（主に構造バイオインフォについて） - Qiita

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  • qiita.com/Ag_smith
  • テクノロジー
  • 2021/05/15

  BioPython 近年、データサイエンスの世界でよく使われるようになったプログラミング言語Pythonですが、C言語などと比べて簡易な文法や文字列操作の利便性から、生命科学の世界、特にバイオインフォマティクスの世界にもPythonは浸透してきました。1999年から開発が始まったBioPythonは生命科学における特有のデータ処理 (DNA・RNA・タンパク質配列や各種データベースとの連携など) を容易にしてくれます。 Pythonのインストール方法 macOSの場合 Pythonのインストール方法は色々ありますが、まずはHomebrewでインストールする方法を推奨します。Homebrewを一度インストールしていれば、引き続きターミナルから とすることで簡単に最新のPython 3.10.xをインストールすることができます（3はメジャーバージョン番号、10はマイナーバージョン番号、xはビル

  
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  PythonとBioPythonを使ったFASTA形式ファイルの読み込み方法 - Qiita

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  • qiita.com/F8LUUI5kOxLvrmuIAIPwFsUWSKNdgW5N
  • テクノロジー
  • 2023/05/16

  はじめに 生物情報学では、DNAやタンパク質の配列データを扱う際に、テキストベースの形式であるFASTA形式が一般的に使用されます。今回は、このFASTA形式について解説し、PythonとBioPythonを使ったFASTAファイルの読み込み方法を紹介します。 FASTA形式とは？ FASTA形式は、シーケンスデータ（DNA、RNA、タンパク質など）を表現するためのシンプルなテキスト形式です。基本的な構造は以下の通りです： ヘッダーライン: 先頭が '>' 記号で始まり、その後に配列の識別子とオプションで記述が続きます。例えば、">sequence1 description here" シーケンスライン: ヘッダーの次の行から配列が記述されます。一般に、一行には80文字まで含めますが、これは必須ではありません。 例: >sequence1 ATGGCCATGGCGCCCCAGCACTAAG