GWASの検索結果1 - 2 件 / 2件

• あとで読む

  GATK SelectVariantsの使い方 -GATK解説シリーズ-part 7 - バイオインフォマティクスでゲノムワイド関連解析（GWAS)

  • 4 users
  • eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com
  • 学び
  • 2021/08/06

  GATK SelectVariants 使用難易度★★★★★ 本記事は、GATK解説シリーズのPart 7です。 GATK解説シリーズのリンクまとめは↓こちら eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com 今回は何をする？ GATK SelectVariantsを使って、Part 6の記事で得たmerged.vcfファイルから、自身の解析条件に適したフィルター条件を設定して、バリアントを選別します。 実際には、FilteringのステップはSelectVarinatsとVariantFiltrationをセットで実行することになります。 GATK VariantFilterについては次回解説します。 今回と次のVariantFiltrationの条件が解析結果に大きな影響を及ぼしますが、実用レベルでもよく使用するオプションの種類が多く、最適な設定の検討が難しいこ

  
• あとで読む

  plinkを使ってゲノムの集団構造を体験する-パート２ - バイオインフォマティクスでゲノムワイド関連解析（GWAS)

  • 4 users
  • eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com
  • 学び
  • 2021/06/28

  plinkの使い方 導入難易度★☆☆☆☆ 使用難易度★★★☆☆ 使用するRのパッケージ: tidyverse, dplyr, cowplot 使用するRのコマンド: read.delim, read.csv, colnames, merge, ggplot, plot_grid この記事を読むと何ができるようになる？ plinkを使ったGWAS解析の演習を行います。この記事は前回の続きです。 Twitterで記事の更新をお知らせしているので、興味を持たれた方は是非フォローをお願いします。 フォローする @harrykun_blog 前半では、国際的なヒトゲノムプロジェクト(1000 Genome Project)から遺伝子型データと出身地データを取得し、plinkを使って集団間の遺伝的距離と地理的な距離を主成分分析(PCA)を行いました。今回は、PCA結果をプロットした図をRを使って作成し