RNA-seqデータの解析パイプラインを作ろう（TopHat-Cuffilnks）RNA-seqデータの解析例をメモ。 あくまで一例なので、ここで取り上げた方法がすべてのデータに対して良いとは限りません。 一つ一つコマンドを入力していってもいいのですが、手間なのでシェルスクリプトを活用し複数の処理（コマンド）をまとめて行った例を示します（いわゆる、バッチ処理）。 以下では、RNA-seqデータの解析例をシェルスクリプトを示しました。 #!/bin/sh for file in "$@" do #Illumina CASAVA Filter [Y]を除去 fastq_illumina_filter -N -o /path/to/"$file"_casava.fastq /path/to/"$file".fastq #Phred quality score 20未満が80%以上のリードを除去 #Phred quality score 20未満の末端を除去 #配列長が10bp
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