Welcome to the UCSC Genome Browser website. This site contains the reference sequence and working draft assemblies for a large collection of genomes. It also provides portals to ENCODE data at UCSC (2003 to 2012) and to the Neandertal project. Download or purchase the Genome Browser source code, or the Genome Browser in a Box (GBiB) at our online store. We encourage you to explore these sequences

RNA-seqデータの解析例をメモ。 あくまで一例なので、ここで取り上げた方法がすべてのデータに対して良いとは限りません。 一つ一つコマンドを入力していってもいいのですが、手間なのでシェルスクリプトを活用し複数の処理（コマンド）をまとめて行った例を示します（いわゆる、バッチ処理）。 以下では、RNA-seqデータの解析例をシェルスクリプトを示しました。 #!/bin/sh for file in "$@" do #Illumina CASAVA Filter [Y]を除去 fastq_illumina_filter -N -o /path/to/"$file"_casava.fastq /path/to/"$file".fastq #Phred quality score 20未満が80%以上のリードを除去 #Phred quality score 20未満の末端を除去 #配列長が10bp

Overview The Molecular Signatures Database (MSigDB) is a resource of tens of thousands of annotated gene sets for use with GSEA software, divided into Human and Mouse collections. From this web site, you can Examine a gene set and its annotations. See, for example, the HALLMARK_APOPTOSIS human gene set page. Browse gene sets by name or collection. Search for gene sets by keyword. Investigate gene

SAMtoolsは、DNAシークエンシングのショートリードシーケンスアラインメント後の処理に用いられるソフトウェアで、扱えるファイル形式はSAM（英語版）とBAMフォーマットである。Heng Li（英語版）によって開発された。SAM/BAM形式のファイルはBWA等のショートリードアライナーから出力される。主な機能としては、多型の検出やアライメントの表示、インデクシング、データ抽出、ファイル形式の変換などがある。一般的にSAM形式のファイルは非常に巨大（数十ギガバイト）になることが多いので、このソフトウェアを利用してBAM形式のファイルに変換してから解析に利用することになる。BAMファイルはSAMファイルの圧縮版と考えて良い。SAMtoolsはBAMファイルを圧縮したままの状態で直接扱うことができるので、毎回ファイルを展開する必要はない。また、SAM/BAM形式のファイルは複雑な構造をしてお

Sailfish: Rapid Alignment-free Quantification of Isoform Abundance Overview RNA-seq expression estimates need not take longer than a cup of coffee The quantification of gene or isoform abundance is a fundamental step in many transcriptome analysis tasks, such as determining differential expression between biological samples. Yet, estimating isoform abundance from a large set of RNA-seq reads remai

サービス終了のお知らせ いつもYahoo! JAPANのサービスをご利用いただき誠にありがとうございます。 お客様がアクセスされたサービスは本日までにサービスを終了いたしました。 今後ともYahoo! JAPANのサービスをご愛顧くださいますよう、よろしくお願いいたします。

このページは, 東京農工大学 "農学系ゲノム人材育成プログラム" での私個人の教育研究活動を補完する情報提供, 情報共有のためにノート代わりに書き留めたものです. 内容は基本的に, 個人的なメモの位置づけです. 情報のご利用は自己責任でお願いしますプログラム参加の学生, 先生方のご研究の参考になれば幸いです. Scientific Linux について 現在, 解析サーバとしては, Scientific Linuxを主力に用いている. Scientific Linuxは, CERNやFermilabのコンピュータクラスタに用いられているので, Linuxの中でも最もタフな仕事に関与しているはず. その実績からの信頼性を買って採用. 以下にインストール方法やセットアップ方法の概要を示す. 注意; Scientific linux には, CERN で作られた Scientific li

環境変数 † 基本の設定として、環境変数に設定を行う。 各ユーザーの.bashrc等に書いてやる。 export http_proxy="http://プロキシ名:ポート/" export https_proxy="https://プロキシ名:ポート/" export ftp_proxy="ftp://プロキシ名:ポート/" （変数名は大文字の必要があるかも・・・？） ↑ apt-getコマンドでProxy経由にする場合 † /etc/apt/apt.conf.d/に80proxyというファイルを作成し、次のように記述 Acquire::http::proxy "http://プロキシ名:ポート/"; または、 Acquire::http::proxy "http://ユーザー名:パスワード@プロキシ名:ポート/"; ↑ add-apt-repositoryでProxy経由にする場合 †

新しいバイオインフォマティクス・ツール「ZENBU」を開発 ―ゲノム上の数千もの転写活性を視覚化、解析し、データを共有― ポイント 複雑なゲノム機能解析システムをWeb上で実現 バイオインフォマティクスの専門家以外でも直感的に操作可能 小規模の研究室でも大規模データセットの比較研究が容易に 要旨 理化学研究所（理研、野依良治理事長）は、ゲノム配列のデータ解析とゲノムブラウザ[1]が連動したバイオインフォマティクス・ツール「ZENBU（ゼンブ）」を開発しました。ZENBUは誰でも無償で利用でき、次世代シーケンサー[2]から量産される大量の遺伝子発現情報の解析や視覚化、さらにはデータ間の比較を容易に行うことが可能です。これは、理研ライフサイエンス技術基盤研究センター（渡辺恭良センター長）機能性ゲノム解析部門（ピエロ・カルニンチ部門長）のアリスター・フォレストチームリーダー、ジェシカ・セヴェリン