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新しいバイオインフォマティクス・ツール「ZENBU」を開発 | 理化学研究所
新しいバイオインフォマティクス・ツール「ZENBU」を開発 ―ゲノム上の数千もの転写活性を視覚化、解析し、データを共有― ポイント 複雑なゲノム機能解析システムをWeb上で実現 バイオインフォマティクスの専門家以外でも直感的に操作可能 小規模の研究室でも大規模データセットの比較研究が容易に 要旨 理化学研究所（理研、野依良治理事長）は、ゲノム配列のデータ解析とゲノムブラウザ[1]が連動したバイオインフォマティクス・ツール「ZENBU（ゼンブ）」を開発しました。ZENBUは誰でも無償で利用でき、次世代シーケンサー[2]から量産される大量の遺伝子発現情報の解析や視覚化、さらにはデータ間の比較を容易に行うことが可能です。これは、理研ライフサイエンス技術基盤研究センター（渡辺恭良センター長）機能性ゲノム解析部門（ピエロ・カルニンチ部門長）のアリスター・フォレストチームリーダー、ジェシカ・セヴェリン
STAP細胞関係のゲノムデータを解析してみた - biochem_fanのブログ
本記事の目的と注意 注意! 私は、NGS については amplicon sequencing の解析経験(しかも半年)しかない。本記事は、データを解析して、STAP論文(Obokata et al, Nature 2014. Article と Letter)に対して何らかの結論を導くのが目的ではない。これだけリード数が少なくて、しかもサンプルがポリクローナルな混合物であることを考えると、ここから何かを結論するのは極めて慎重にならないといけないと思う。したがって、結果の「解釈」には立ち入らない(し、その能力もない)。本記事は、「ネットで話題になっているデータを、自分も解析してみたい!」と、「行為」そのものに魅力を感じる方のために、私が行った操作の流れを紹介するものである。 私は当初 RNA-seq のデータを解析しようとしたが、リファレンス・トランスクリプトームに存在しない再構成後の T
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