Journal of Chemical Software, Vol., No. (1999)
生体分子の分子動力学シミュレーション(1)方法 古明地 勇人, 上林 正巳, 長嶋 雲兵 Return 目次 古典分子動力学シミュレーションの概要 初期構造と初期速度 力とポテンシャルの計算 時間積分 アンサンブル（温度制御など） トラジェクトリーの解析方法 おわりに 1 古典分子動力学シミュレーションの概要 本総説では、生体分子分子動力学用ソフトウェアPEACH（Program for Energetic Analysis of bioCHemical molecules,古明地, 1995）に導入されたアルゴリズムを中心に、タンパク質やDNAなど生体高分子の分子動力学シミュレーション（MD）の方法を解説する。 古典分子動力学法（古典MD）とは、一般に「N体多体系の状態の時間発展を、ニュートンの運動方程式の数値解を差分法により求めてシミュレーションすること」と定義できる。つまり、連立微分
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