pc-chem.info: Counterpoise補償法によるBSSEの見積
分子間の相互作用は、計算化学が扱う主要な問題の一つです。単純に考えると、例えばAという分子とBという分子が相互作用してABという錯体を形成する場合、A,Bが単独で存在したときのエネルギーと錯体ABのエネルギーを比較して、その相互作用がどれぐらい強いかを議論するということになります。しかし、ここには思いがけない落とし穴が存在します。それが本稿で紹介するBSSE(Basis Set Superposition Error:基底関数重なり誤差)です。以下、GAMESSでのBSSEの計算方法とモデル化学による差について見てみたいと思います。 What's BSSE ? 先に述べた[A + B → A-B]における計算をもう少し詳しく見ると、Aを単独で計算するのと、A-Bという錯体で計算するのに違いがあることがわかります。即ち、錯体A-Bの中のAは、Bの基底関数を取り込むことができます。普通はこの「
京都大学工学研究科適応材料力学研究室
【具体的な研究テーマ】 Japanese English 2020年度の研究成果 2019年度の研究成果 2018年度の研究成果 2017年度の研究成果 2015年度の研究成果 2013年度の研究成果 2012年度の研究成果 2011年度の研究成果 2010年度の研究成果 2009年度の研究成果 2008年度の研究成果 2007年度の研究成果 補強板積層Bi2223高温超伝導線材の力学及び超伝導特性の評価 アクチン重合による細胞移動シミュレーション YBa2Cu3Oy-δCoated Conductorの疲労損傷が超伝導電流輸送特性に及ぼす影響 力学的アプローチを用いた細胞運動の研究 線維間構造及び濡れ性を考慮した樹脂浸透流れの数値シミュレーション 細胞外基質の変形に伴う移動性細胞の移動方向変化 高分子溶融体の非平衡動力学シミュレーション Micro-patternを用いた細胞運動機構の解
一般財団法人 高度情報科学技術研究機構
RISTの紹介 高度情報科学技術研究機構は、特定高速電子計算機施設等の利用促進、大規模高速計算機の利用技術の開発、情報科学技術の高度化、原子力分野の解析コードの調査収集・整備提供等を通じて、先進的科学技術の発展に寄与しています。 特定高速電子計算機施設等の利用促進では、2012年から神戸センターにおいて特定高速電子計算機施設（当初は「京」、2020年度以降は「富岳」）を中核とする革新的高性能計算環境（HPCI)の利用促進の利用促進を実施し、画期的な研究成果の創出及び科学技術の発展や産業競争力強化、並びにハイパフォーマンス･コンピュータ利用の裾野の拡大に貢献しています。 情報科学技術の高度化では、原子力研究開発コードの開発・改良、計算結果の評価手法の開発等 を実施するとともに、大規模シミュレーション技術の開発・研究として、新アルゴリズム・計算手法のシミュレーションソフトウェアへの実装、次世代
ABINIT-MP: Ab initio Fragment MO Method Program
非経験的フラグメント分子軌道(ab initio FMO)法プログラム ABINIT-MP のホームページです。 更新中・・・ ABINIT-MPの開発については、 産業技術総合研究所 先端情報計算センター (TACC) 平成12年度高性能計算機利用促進課題 ｢分子シミュレーション手法の開発に関する研究｣（2000年度） 情報処理振興事業協会(IPA) 平成13年度未踏ソフトウェア創造事業 「フラグメント分割法に基づいた並列分子計算プログラムの開発」（2001年度） 科学技術振興事業団 平成13年度計算科学技術活用型特定研究開発推進事業(ACT-JST) 「ＤＮＡのナノ領域ダイナミクスの第一原理的解析」（2001～2004年度） 文部科学省 ITプログラム 「戦略的基盤ソフトウェアの開発」（2002～2004年度） による支援を受けました。現在は、 文部科学省 次世代IT基盤構築のための
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Journal of Chemical Software, Vol., No. (1999)
生体分子の分子動力学シミュレーション(1)方法 古明地 勇人, 上林 正巳, 長嶋 雲兵 Return 目次 古典分子動力学シミュレーションの概要 初期構造と初期速度 力とポテンシャルの計算 時間積分 アンサンブル（温度制御など） トラジェクトリーの解析方法 おわりに 1 古典分子動力学シミュレーションの概要 本総説では、生体分子分子動力学用ソフトウェアPEACH（Program for Energetic Analysis of bioCHemical molecules,古明地, 1995）に導入されたアルゴリズムを中心に、タンパク質やDNAなど生体高分子の分子動力学シミュレーション（MD）の方法を解説する。 古典分子動力学法（古典MD）とは、一般に「N体多体系の状態の時間発展を、ニュートンの運動方程式の数値解を差分法により求めてシミュレーションすること」と定義できる。つまり、連立微分
The Molecular Simulation Society of Japan (MSSJ)
分子シミュレーション学会は、 コンピュータシミュレーションの手法により 分子集合体の物理・化学的性質を求めるための諸問題を研究する 約３００名の会員により構成されています。 会員は大学・研究所・企業の研究者、大学院生・学生が主です。 本学会の主な活動には学術討論会、講習会、産学連携フォーラムがあります。 また、学会ニュースレターが季刊に発行され、会員同士の情報交換に用いられています。 その他、会員の所属する研究室の大学院生らによって夏の学校が行われています。 TOPICS 2022年9月5日 第36回分子シミュレーション討論会の参加登録受付を開始しました。 オンサイト/オンライン併用となります。 2021年9月9日 第35回分子シミュレーション討論会の参加登録受付を開始しました。 口頭発表はオンサイト，ポスター発表はオンデマンドとなります。 2020年9月28日 第34回分子シミュレーショ
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Extended DFT + U + V method with on-site and inter-site electronic interactions
スイングバイシミュレーター
日立，PbフリーSnめっきにおけるウィスカ発生現象のシミュレーション技術を開発
http://kyoyo.itc.u-tokyo.ac.jp/backup.html
https://staff.aist.go.jp/makoto-yoneya/
http://groups.yahoo.co.jp/group/bioinformatics-jp/messagesearch?query=%80%A0%A0%CA%AC%BB%D2%C6%B0%CE%CF%B3%D8
http://www.ibri-kobe.org/jinzai/clinical-genome/
http://www.ciss.iis.u-tokyo.ac.jp/dl/index.html
分子モデリングと分子シミュレーション2005 || 東京大学農学生命情報科学大学院教育研究ユニット アグリバイオインフォマティクス 人材養成プログラム