東京に暮らす男子高校生・瀧は、ある朝、目を覚ますとベーリング海の海底に住むゴジラになっており、逆にゴジラは瀧になっていた。2人とも「奇妙な夢」だと思いながら、知らない誰かの一日を過ごす。 翌朝、無事に元の身体に戻った2人は入れ替わったことをほとんど忘れていたが、その後も週に2、3回の頻度でたびたび「入れ替わり」が起きたことと周囲の反応から、それがただの夢ではなく実在の誰かと入れ替わっていることに気づく。性別も暮らす環境もまったく異なる瀧とゴジラの入れ替わりには困難もあったが、お互い不定期の入れ替わりを楽しみつつ次第に打ち解けていく。 しかし、その入れ替わりは突然途絶え、なんの音沙汰も無くなってしまったゴジラを心配した瀧は、記憶をもとに描き起こした海底のスケッチだけを頼りにベーリング海へ向かう。瀧の様子を不審に思い、心配していたバイト先の先輩・三枝未希もそれに同行する。しかし、ようやく辿り着