ペアワイズアラインメントに関する調査報告ペアワイズアラインメントに関する調査報告 永松 秀人, 廣安 知之, 三木 光範 ISDL Report No. 20030608005 2003年 9月 2日 Abstract 本レポートは相同性検索の最も必須の技術である, ペアワイズアラインメントについての調査報告である. アラインメントは, 2つの配列を要素ごとに対応づける操作により行われる. そのため, 要素の対応を記述したスコアモデルと, 挿入・欠失を定義したギャップペナルティの定義が必要となる. 一般的に, スコアモデルには対数尤度比をもとに作成したBLOSUMやPAM行列が用いられ, ギャップペナルティには, アフィンギャップペナルティが用いられる. これらを用いたアラインメントは大別すると, ローカルアラインメントとグローバルアラインメントの2種類に分けることができ, それぞれ動的計画法を用いた解法がすでに提案され
