万見（よろずみと読みます）は日本蛋白質データバンク(PDBj)が提供するタンパク質構造解析サービスです。万見は立体構造を見て楽しむことをコンセプトとしています。また、Uniprotとの連携により、詳細なデータを得ることも出来ます。今回は万見によるシアノバクテリアSynechocystis sp. PCC 6803由来Heme oxygenase-1（ヘム分解を行う酵素）の立体構造データをサンプルとしています。

ラウス肉腫ウイルス(Rous sarcoma virus)は、ニワトリで発見された腫瘍形成に関わっている腫瘍ウイルスで、1911年にペイトン・ラウスによって発見されました。2本鎖RNAをゲノムにもつレトロウイルスで、ガンの原因となる遺伝子はsarcomaからsrcと名付けられましたが、実は宿主の細胞にもほとんど同じ遺伝子配列が存在していることが発見されました。ウイルス由来のsrc遺伝子はv-src、細胞由来のものはc-srcと記述されています。 今回はそのv-srcのタンパク質配列を、ラウス肉腫ウイルスのゲノム配列を検索するところから始めて取得し、それをすでに解読されているニワトリのゲノム配列に対してアミノ酸配列のままBLAT検索にかけc-srcがコードされているゲノム上の領域を探し当てます。さらにその2種類のsrcのアラインメントを見ることでsrc遺伝子の遺伝子情報をウイルスがニワトリゲ

本日の統合TVは、2013年3月22日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷13（第4回統合牧場収穫祭）から、@Go_with_twill による「統合TVつくりません?」をお送りします。約6分です。

MAFFT (「マフト」と読みます) は複数の塩基配列やアミノ酸配列をできるかぎり一致するように並べる（多重（マルチプル）アラインメント）ツールです。アラインメントは、タンパク質ファミリーの保存残基を探したり、二次構造や三次構造の予測を助けたり、PCRプライマーの設計に一役買ったり、分子進化解析の基礎データともなります。今回紹介するCBRCのMAFFTでは、Jalviewを使ってアラインメントの結果を視覚的に見ることもできます。以前紹介したClustal Omegaに比べ、非常に高速にアライメントできるため、長い配列や、多数の配列のマルチプルアラインメントに優れています。今回は例として、CBRCのサイトに用意されている、LSU rRNAをサンプル配列として多重アラインメントを行い、系統樹を作成する方法を説明します。 見どころダイジェスト 00:28 1. CBRCのMAFFTのサイト 03

Clustal Omega (「クラスタルオメガ」と読みます) は複数の塩基配列やアミノ酸配列をできるかぎり一致するように並べる（多重（マルチプル）アラインメント）ツールです。アラインメントは、タンパク質ファミリーの保存残基を探したり、二次構造や三次構造の予測を助けたり、PCRプライマーの設計に一役買ったり、分子進化解析の基礎データともなります。今回紹介するEBIのClustal Omegaでは、Jalviewを使ってアラインメントの結果を視覚的に見ることもできます。として多重アラインメントを行い、系統樹を作成する方法を説明します。今回は例として、ヒト、マウス、ブタの各生物種における脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR)ファミリーの塩基配列を サンプル配列として用います。 見どころダイジェスト 00:20 1. Jav

Cytoscapeとは、生物学上のパスウェイや分子間相互作用ネットワークを可視化＆解析できるフリーソフトです。もともとは生物学的ネットワークのためにオブジェクト指向型言語Javaで書かれたソフトですが、もちろん生物以外を対象にすることもできます。手軽な操作でネットワークの画像を出力することができ、また解析をすることもできます。外部のデータベースから情報を取得したり、ネットワークに関する情報を統合することもできます。 「Cytoscape の使い方 〜インストール・基本操作編〜」ではCytoscapeの導入方法と基本的な使い方を説明しました。 この動画では、Cytoscape バージョン 3.2.1 に付属のサンプルデータを使用して、大腸菌Gal4ノックアウト株のマイクロアレイデータを例に、大規模なデータを読み込んで、発現量の変動を可視化し、ネットワークの一部分を抽出する方法について説明しま

NCBIが提供するHomoloGeneは、真核生物間の相同的な遺伝子を検索するツールです。種間比較や系統樹作成のために、興味のある相同遺伝子を一括で取得することができます。 本動画では、系統樹作成の前段階として、まずHomoloGeneにリストされている生物のアミノ酸配列を一括取得する方法を解説(例:活性酸素分解酵素SOD1)し、次にHomoloGeneにリストされていない生物のアミノ酸配列を検索し、取得（例:Bombyx mori(カイコ)のSOD1）する方法について解説します。

バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)が提供している生命科学データベース横断検索では、散在する生命科学分野の分子データベースを横断的に検索できるだけでなく、特許や文献とあわせて一括して検索できる Google ライクなサービスです。 研究関連の情報をいろいろな情報ソースから入手したいときや、新規分野のレビュー情報の探索に種類の異なる国内外のデータベースを一括してキーワード検索することが可能なので、それぞれのデータベースサイトにいく手間が省けます。 ライフサイエンス辞書を搭載しているので、キーワードを日本語→英語、英語→日本語に翻訳して一括で検索できるのが大きな特徴の一つです。また分子データベースと総説などとを一度に検索できるので、知りたいことの理解を深められます。特許と分子データベースとを同時に検索できる国内初のサービスです。また、さらに「蛋白質核酸酵素」のバックナンバーやゲノム

DDBJ BioProject, BioSample, Sequence Read Archive への登録 本日の統合TVは、DNA Data Bank of Japan (DDBJ) からの「投稿TV」として、「DDBJ BioProject, BioSample, Sequence Read Archive への登録」をお送りします。2015年4月から、DDBJ のBioProject、BioSample、DDBJ Sequence Read Archive (DRA)の各登録システムが一元化され、まとめて登録できるようになった (DDBJニュース)ことを受けて、その使い方の動画が DDBJ YouTube Channelにて公開されています。

本日の統合TVは、2011年12月13〜16日にパシフィコ横浜にて開催された、第34回日本分子生物学会年会のフォーラム 『もし分子生物学者がGoogle+の招待を受けたら』から、二階堂 愛さん (@dritoshi)(理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター)による「いつも側にいるコラボレータ 〜Google+を使った共同研究の進め方〜」をお送りします。

Biomedical Linked Annotation Hackathon (BLAH) 1 was held in The University of Tokyo Kashiwa Campus Station Satellite in Kashiwa, Chiba, Japan. On the last day of the Hackathon (Feb. 27), public symposium of the BLAH 1 was held. In this talk, Larry Hunter (University of Colorado school of medicine) makes a presentation entitled "Principles for representing knowledge in and about texts". (33:20)

本日の統合TVは、2015年4月28日に開催されたThe Galaxy Workshop Tokyo 2015から、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) 大田 達郎 による「Hands-on: Community Galaxy (コミュニティーギャラクシー= Pitagora Galaxy: ピタゴラギャラクシー)の紹介とインストール」をお送りします。約1時間40分です。

本日の統合TVは、2015年4月28日に開催されたThe Galaxy Workshop Tokyo 2015から、東京大学 先端科学技術研究センター山中 遼太氏 による「Community Galaxy (コミュニティーギャラクシー= Pitagora Galaxy: ピタゴラギャラクシー)の紹介」をお送りします。約8分です。

スライドやポスター等のプレゼンテーション用資料に「イメージ通りのイラストがみつからない」、「イラストと色が合わなくて浮いてしまう」、そんなときのために パワーポイント（Microsoft PowerPoint）の図形描画機能（オートシェイプ）でイラストをつくる方法を紹介します。 パワーポイントの図形描画機能を使うと簡単なマウス操作で図形を作成することができ、色や形も自由に設定することができます。これを組み合わせてイラストをつくれば、パワーポイント上で配置しながら、スライドに合わせた色や線の変更も可能です。第1弾の注射器編、第2弾のマウス編に続き、第3弾の今回は遠沈管および血液寒天培地のイラスト作成を例に、主に色のグラデーション・透過機能を利用したイラストの立体化を中心にしたパワーポイントの図形描写機能の使い方やイラスト作成におけるtipsを紹介します。

スライドやポスター等のプレゼンテーション用資料に「イメージ通りのイラストがみつからない」、「イラストと色が合わなくて浮いてしまう」、そんなときのために パワーポイント（Microsoft PowerPoint）の図形描画機能（オートシェイプ）でイラストをつくる方法を紹介します。 パワーポイントの図形描画機能を使うと簡単なマウス操作で図形を作成することができ、色や形も自由に設定することができます。これを組み合わせてイラストをつくれば、パワーポイント上で配置しながら、スライドに合わせた色や線の変更も可能です。前回の注射器編に続き、第2弾の今回はマウスのイラスト作成を例に、主に曲線の編集を中心にしたパワーポイントの図形描写機能の使い方やイラスト作成におけるtipsを紹介します。 見どころダイジェスト 01:09 1. 写真を挿入する 01:57 2. 曲線で輪郭をなぞる 03:29 3. 頂点を

本日の統合TVは、2010年10月29日に行われた第八回日本スポットファイアー・ユーザー総会 分科会アカデミアセッションから、DBCLS リサーチアシスタント @y_benjo氏による「特許公報を用いた自然言語処理による業界分析、及びSpotfireによる可視化」をお送りします。

Table Browserは、米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校 (UCSC) が開発、維持しているUCSC Genome Browserの中のコンテンツの一つで、UCSC Genome Browserで閲覧可能なゲノムアノテーションから独自の基準でフィルターをかけ、欲しいデータだけに絞り込んで閲覧することができるサービスです。 今回は、UCSC Genome Browserで提供している転写因子結合サイト (TFBS: Transcription Factor Binding Site) の情報からエストロゲン受容体α (ER-alpha) の結合サイトのみ選んだ上で、sno/miRNAの遺伝子コード領域と重なるものだけを抽出してきてそのゲノム上の領域をUCSC Genome Browserで閲覧するまでのウェブブラウザー上での解析フローと、RefSeqのデータをGTFファイルで取得

The Human Protein Atlasは、スウェーデンの研究グループ(スウェーデン王立工科大学、ウプサラ大学、SciLifeLab)が提供している、ヒトのタンパク質の発現情報データベースです。さまざまなヒトの組織やガン細胞、細胞株におけるタンパク質発現情報・RNA発現情報およびタンパク質局在を、特異的抗体を用いて得られた免疫組織化学染色写真や免疫蛍光染色写真とともに調べることができます。また、測定に使用されている抗体をメーカーへのリンクから購入することもできます。2014年11月にアップデートされた最新バージョン (version: 13) では、213種類の組織および細胞株のサンプルを対象にして、16,975個の遺伝子 (これはヒトの遺伝子数のおよそ7割に相当する) に由来する24,028種類の抗体を用いて測定されたデータが閲覧できます。 見どころダイジェスト 00:34 1.

TargetMineは創薬支援の統合データウェアハウスです。創薬の初期研究における支援を目的として、国際的に広く使用されている30以上の公共のデータソースを統合し、疾患関連遺伝子、相互作用、転写因子などの創薬研究のキーとなるデータから、効率的に知識発見をすることができます。ウェブ版のTargetMineは、アカデミック/非アカデミックを問わず、無料で利用可能です。今回の動画では、キーワード検索、テンプレートを使用した検索を紹介します。 見どころダイジェスト 01:00 1. キーワード検索 01:50 2. カテゴリを指定してデータ閲覧 02:40 3. 遺伝子に関する情報の閲覧 04:06 4. 様々なテンプレートを使って検索 05:17 5. 上流転写因子を取得する