2012年7月4日のブックマーク (1件)

  • DDBJ タンパク質コード配列; CDS feature について

    概要 feature key の中でも、タンパク質のコーディング領域を記述する CDS はデータベース中に多数、記載されています。 CDS feature の location はアミノ酸翻訳の対象となる塩基配列を開始コドンから終止コドンまでの位置を基に示します。CDS には、その位置情報、codon_start、由来生物のコドン表 (transl_table に記載されます)、ならびに transl_except の記述に基づいて、アミノ酸翻訳を行ない、translation を付加します (ただし、pseudo、または、pseudogene の指定がある場合にはアミノ酸翻訳は行いません)。 登録者からの報告に基づいて、対応するタンパク質の名称や機能が CDS 下位の適切な qualifier (product、function、etc.)に記入されます。また、これらの情報が実験的に確