注釈 Sphinx-1.8 以前は setup() 関数を定義し、その中で add_stylesheet() を呼び出していましたが、現在では設定項目 html_css_files を使って設定します。 https://www.sphinx-doc.org/ja/master/usage/configuration.html#confval-html_css_files これでcustom.cssもHTMLから読み込まれるようになります。 同様に app_add_javascript('custom.js') を使えばJSファイルも追加できます。 Sphinx標準テーマであれば、add_stylesheetやadd_javascriptを使ってcssやjsを追加することが出来ます。
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