1947年、メキシコ・ハリスコ州アウトラン・デ・ナヴァロ(英語版)生まれ。マリアッチのヴァイオリン奏者だった父の指導のもと、5歳でヴァイオリンを習い、8歳でギターを習った[注釈 1]。 弟のホルヘ・サンタナ(英語版)もプロのギタリストになろうとした。米国のロックとポップ・ミュージックにメキシコ人はごく少数しかいなかったその当時、カルロスはリッチー・ヴァレンスから大きな影響を受けた。カルロスの家族は、カリフォルニア州との国境沿いのティフアナへ移住し、その後サンフランシスコへ移った。カルロスはティフアナに留まったが、1962年にサンフランシスコで家族と合流した。10歳から12歳の頃、カルロスに国境を越えさせたアメリカ人の男にカルロスは性的虐待を受けたという[1][注釈 2]。 カルロスはサンフランシスコのミッション・ディストリクトに住み、ブルースやラテンジャズに傾倒した。James Lick