Burrows Wheeler TransformとLF mapping - Preferred Networks Research & Development
最近オープンウォーターダイバーのライセンスを取りました。徳永です。 今日はBurrows Wheeler Transform（BW変換もしくはBWT）の逆変換において用いられるLF mappingを説明します。 BWTはデータ圧縮の前処理などに使われるテクニックです。Burrows Wheeler Transformはとても簡単でわかりやすい（高速な実装は複雑ですが……）のですが、逆変換で用いられるLF mappingは、実装は簡単なものの、なぜそれでよいのかは少しわかりにくいところがあります。また、私はこれまで、LF mappingがなぜあれでうまくいくのか、わかりやすい説明を日本語でも英語でも見た記憶がありません。そこで今回はLF mappingを中心に説明します。なお余談ですが、BTWのMichael Burrowsは現在はGoogle勤務で、ChubbyやBigTableなどのソフ
Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 - Nature Methods
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de Bruijn Graph を使った de novo アセンブリの発想がすごい件 - ほくそ笑む
Velvet や ABySS などの代表的な de novo アセンブリツールでは、アルゴリズムに de Bruijn Graph というのを使っているそうです。どうやってアセンブルしているんだろう？と興味を持っていたので、元ネタの An Eulerian path approach to DNA fragment assembly を読んでみたんですが、その発想のすごさに度肝を抜かれました。せっかくなので、ここで簡単に説明してみたいと思います。 ケーニヒスベルクの橋 まずはグラフ理論の説明から。グラフ理論は、18世紀にオイラーという数学者が「ケーニヒスベルクの橋」という問題を解くために考え出したといわれています。 「ケーニヒスベルクの橋」は、次のような問題です。 18世紀の初めごろにプロイセン王国の首都であるケーニヒスベルクという大きな町があった。この町の中央には、プレーゲル川という大き
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