Peak detectionソフトウェア
ChIP-seq解析におけるピークを検出するソフトウェアについての簡単なリスト。上位の方のリストは、ランダムに選択してきた２１報のChIP-seqに関する論文に載っていたものから、比較的引用数の多いものを取り上げた。選択した論文の内容について統計をとった最近のChIP-seqの解析手法のまとめについての記事を参照してほしい。被引用数は、手法について述べた論文の2010年度までの被引用数の合計。星の数は、単なる自分の好み。 Useq (http://useq.sourceforge.net/) [24 citation] +と-の間のピークのシフト距離を推定し、その半分の距離をそれぞれ3'方向に移動。windowサイズをシフトした距離＋標準偏差として、そのwindowでslidingさせた次の２つのスコアを計算する。(1) 単にwindow内のreadsの数。(2) ２項分布をもとにしたP
A complete workflow for the analysis of full-size ChIP-seq (and similar) data sets using peak-motifs - Nature Protocols
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ChIP-seq:実験のデザインと落とし穴 2 はじめに 次世代シークエンサー関連の論文 ChIP seq法によるタンパク質の動態解析 ーゲノムのどの場所にいつ結合するのかを明�
ChIP-seq:実験のデザインと落とし穴 2 はじめに 次世代シークエンサー関連の論文 ChIP seq法によるタンパク質の動態解析 ーゲノムのどの場所にいつ結合するのかを明らかにするー • タンパクの位置情報は様々な機能情報をもたらす – 既知の機能配列との相関。既知の機能タンパクとの相関 • 例えば二つのタンパク結合プロファイルが一致する – 二つは同じ機能を持つ複合体に帰属する可能性、制御関係にある可能性 を示唆 – 健常と疾患由来細胞におけるタンパクの振る舞いの違い ✴ 分子病態の解明 ゲノム上の位置 結 合 量 セントロメア テロメアテロメア 複製開始点 複製開始点 ChIP-seq法による制御系とタンパク複合体の予測例 Scc1 （コヒーシン） Sc
Computation for ChIP-seq and RNA-seq studies
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S.pombe 分裂中 | Hideki Note
ChIP-seqの論文 次世代シークエンサーの登場に伴い、近年、急速にChIP-seqを取り扱った論文が増えてきている。下の図は、年間に発表されている論文を2007年度から順にヒストグラムにしたものだが、2007年度に比べて、2010年度は、100倍以上の論文が投稿されていることが分かる。今後も、ますますChIP-seqを取り扱う論文の増加が予想される。右下の図は、過去４年間に発表された論文の雑誌社別の内訳の上位１１位だ。予想通りBioinformatics, PLOS ONE, BMC Bioinformaticsなど、Bioinformatics系の論文が上位に来ている。 解析した論文 このページでは、現在、ChIP-seqの解析にどんな手法が使われているのかの概略をまとめた。発表されている論文すべてを調べるのは困難であるので、実際にChIP-seqを使って何らかの生物学的な解析を行
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GitHub - dritoshi/jsbi_chipseq: ChIP-seq data analysis with R + Bioconductor
