厚生労働省・感染症サーベランス事業により、全国約5,000のインフルエンザ定点医療機関を受診した患者数が週ごとに把握されています。 過去の患者発生状況をもとに設けられた基準値から、保健所ごとにその基準値を超えた場合に、注意報レベルや警報レベルを超えたことをお知らせする仕組みになっています（詳細は「警報・注意報システムとは」をご覧ください）。 これらはあくまで流行状況の指標であり、都道府県として発令される「警報」とは異なります。