「お前は人間は殺さないと言ったはずだが。」 「あっちが撃ってきたんだ!正当防衛だ!」 エイリアンの乗った宇宙船が南アフリカ共和国・ヨハネブルグ上空に停止して20年。中にいたのは彼らの社会で働きバチに相当する頭の悪くて繁殖率の高い昆虫型エイリアン、蔑称「エビ」。政府は彼らを"District 9"「第9地区」に住まわせて様子を見ようとしたが、繁殖率の高い彼らはあちこちでトラブルを起こしていた。手を焼いた政府は管理を大企業MNUに委託。新設された居住区「第10地区」へ移動させようとする。 主人公ヴィカスはMNUのエイリアン課の責任者。会長の一人娘を奥さんに迎え、順調「のような」人生を歩んでいる普通のおっさん。彼はこの移送作戦の指揮を任されることになり、法律上の建て前で「強制執行24時間前にサインをもらう」というポーズだけだが危険極まりない作戦のため、完全武装の傭兵もとい社員たちを連れて第9地区