さようなら、CWL - DRYな備忘録
このエントリは、 Common Workflow Language (CWL) Advent Calendar 2018 - Qiita の25日目です。 tl;dr 落合、バイオインフォやめるってよ つくったバイオインフォ関連OSSのメンテナンスは続けていくつもりです CWLって何よ 2017年4月にベルリンから逃げ帰って、某大学研究所に研究員として就職しました。当初は、自分が持ってるバイオインフォの個人事業で独立しようと思っており、半分はその営業・コネクション作りのつもりで行ったのですが、なんやかんやでそこで働くことになってました。今にして思えば、よい判断だったと思います。理由は最後のほうで書く。 「ゲノム解析のプラットフォーム構築、あるいはその技術検証」というようなミッションで、ゲノム解析の実情・課題国内のスパコンの利用実態、日本および海外のクラウドサービスの利用状況、Docker
Webプログラマから見た「CWL」の功績と罪過 - DRYな備忘録
このエントリは、CWL Advent Calendar 2017 - Qiitaの25日目です。 背景 誰がエモ芸人や CWL is 何？ データ解析が再現するということ、あるいは Common Workflow Language... - こんな時間ですがパスタを茹でます 異なる処理系の間で同一のワークフローの実行を可能にするために、ワークフローの内容を記述し、実行系の間で交換するための標準形式の策定を目的として Common Workflow Language (CWL) プロジェクトが発足した。 すげーざっくり言うと、バイオインフォのゲノム解析の手順書を統一規格で書こうぜ、という感じのブツです。 実際どうやって使うねん CWL User Guide 1: Introduction と 2: First Example をやってみた CWL User Guide 3: Essentia
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